mpi4pyを使用して、python2.7のUbuntu 14.04 LTSマシンで実行していたスクリプトを作成しました。ここに最初からのスニペットがあります:
from mpi4py import MPI
comm = MPI.COMM_WORLD
rank = comm.Get_rank()
size = comm.Get_size()
print comm.Get_size()
古いコンピューターで実行するmpiexec -n 3 python2.7 foo.pyと、答えが得られます。
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最近、ソフトウェアを新しい Ubuntu 14.04 LTS サーバーに移行し始めました。そこで同じコマンドを実行すると、答えが得られます。
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私の MPI の知識が不十分なため、どこを見ればよいかわかりませんが、明らかに何かが間違っています。MPI のバージョンを確認しようとしmpiexec --versionましたが、古いコンピューターで実行すると次のように返されます。
HYDRA build details:
Version: 1.4.1p1
Release Date: Thu Sep 1 13:53:02 CDT 2011
CC: gcc
CXX: c++
F77: gfortran
F90: f95
Configure options: '--enable-shared' '--prefix=/opt/anaconda1anaconda2anaconda3' '--disable-option-checking' 'CC=gcc' 'CFLAGS= -O2' 'LDFLAGS= ' 'LIBS=-lrt -lpthread ' 'CPPFLAGS= -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/mpl/include -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/mpl/include -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/openpa/src -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/openpa/src -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/mpid/ch3/include -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/mpid/ch3/include -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/mpid/common/datatype -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/mpid/common/datatype -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/mpid/common/locks -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/mpid/common/locks -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/mpid/ch3/channels/nemesis/include -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/mpid/ch3/channels/nemesis/include -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/mpid/ch3/channels/nemesis/nemesis/include -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/mpid/ch3/channels/nemesis/nemesis/include -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/mpid/ch3/channels/nemesis/nemesis/utils/monitor -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/mpid/ch3/channels/nemesis/nemesis/utils/monitor -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/util/wrappers -I/home/ilan/aroot/work/mpich2-1.4.1p1/src/util/wrappers'
Process Manager: pmi
Launchers available: ssh rsh fork slurm ll lsf sge manual persist
Topology libraries available: hwloc plpa
Resource management kernels available: user slurm ll lsf sge pbs
Checkpointing libraries available:
Demux engines available: poll select
新しいコンピューターで実行すると、答えが得られます。
mpiexec (OpenRTE) 1.6.5
Report bugs to http://www.open-mpi.org/community/help/
ここで別の MPI 実装を実行しているため、問題が発生する可能性がありますか? どうやってそれを伝えますか？それともpython側の問題ですか？Python がまったく認識していないだけで、3 つのプロセスが開始されているようです。後者は、異なる MPI 実装を使用する mpi4py と mpiexec が原因である可能性があることを認識しています。
which mpiexecどちらかのマシンで実行すると、次のように返されます。
/home/pmj27/anaconda2/bin/mpiexec
ランニングmpi4py.get_config()リターン:
{'mpicxx': '/home/pmj27/anaconda2/bin/mpicxx', 'mpif77': '/home/pmj27/anaconda2/bin/mpif77', 'mpicc': '/home/pmj27/anaconda2/bin/mpicc', 'mpif90': '/home/pmj27/anaconda2/bin/mpif90'}