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mpiexec (MPICH2、Linux) で開始された MPI 並列ジョブのすべてのプロセスを追跡するにはどうすればよいですか?

-o異なるプロセスからの出力を台無しにします

PS一部の編集者へ：誰がそれを考えるかもしれませんMPICH is the name of the library. MPICH2 is a particular version.. MPICH2 は実際にはMPICH2 is an all-new implementation of MPImpich と mpich2 の両方を使用する必要がありました。したがって、mpich2 を mpich に置き換えることはできません。

MPIクラスターをセットアップしようとしています。しかし、mpd.confファイルに追加されたCPUの数が正しく使用されていないという問題があります。私は3つのUbuntuサーバーを持っています。48コアのopteron8コアのcalc18コアのcalc2。

私のmpd.hostsは次のようになります：
opteron:46
calc1:6
calc2:6

起動後（mpdboot -n 3 -f mpd.hosts）、システムが実行されています。mpdtrace->3つすべてが一覧表示されます。

しかし、「mpiexec -n 58 raxmlHPC-MPI ...」のようなプログラムを実行すると、calc1とcalc2は多くのジョブを取得し、同時にopteronは少数になります。私は何が間違っているのですか？

よろしく

ビョルン

mpdbootコマンドを使用して、MPIプログラムを実行する4つのプロセッサを起動しようとしています。4つのノード（75、77、79、80）でmpd.hostsファイルを作成しました。それぞれがpython2.3.4を実行します。また、bashrcファイルとcshrcファイルを変更して、変数にコンパイラライブラリのディレクトリへのパスが含まれるようにしました。また、mpd.confファイルを設定し、rw（600）権限があることを確認しました。

mpdbootを実行すると、出力画面の下にコピーしました

[n @ heart] $ mpdboot -n 4 -r ssh

：38：非推奨警告：popen2モジュールは非推奨です。サブプロセスモジュールを使用します。

n @ 75のパスワード：xxx

n @ 77のパスワード：xxx

n @ 79のパスワード：xxx

n @ 80のパスワード：xxx

mpdboot_heart.int（err_exit 526）：mpdがheart.intで正しく起動できませんでした

理由：0：mpdからの無効なポート/opt/intel/mpi/2.0/bin/mpd.py:85：非推奨警告：md5モジュールは非推奨です。代わりにhashlibを使用してください

殺された

パート2：

また、ノードの1つにログインして、mpdbootを実行してみました。これがそれを行うことによる出力です

[n @ 79〜] $ mpdboot -n 4 -r ssh

n @ 75のパスワード：xxx

n @ 77のパスワード：xxx

n @ 79のパスワード：xxx

n @ 80のパスワード：xxx

mpdboot_79_0（mpdboot 499）：1 75でのmpd（boot）の起動中に問題が検出されました。出力：

許可が拒否されました。もう一度やり直してください。

n @ 75のパスワード：許可が拒否されました。再試行してください。

n @ 77のパスワード：mpdboot_79_0（mpdboot 515）：2 77でのmpd（boot）の起動中に問題が検出されました。出力：

許可が拒否されました。もう一度やり直してください。

許可が拒否されました（publickey、gssapi-with-mic、password）。

n @ 77のパスワード：許可が拒否されました。再試行してください。

許可が拒否されました（publickey、gssapi-with-mic、password）。

この問題をどのように進めればよいですか？

D プログラミング言語で MPI を使用しようとしています。D は C ABI を完全にサポートし、任意の C コードとリンクして呼び出すことができます。私は明白なことを行い、MPI ヘッダーを D に変換しました。次に、テスト プログラムを Wikipediaから D に変換しました。次のコマンドでコンパイルしました。

dmd test.d -L-lmpistubs

を実行するだけで機能し、次のよう./testに出力されます。

0: We have 1 processors

ただし、で実行するとmpiexec -n 8 test、何も出力されません。私の理解では、MPI 実行可能ファイルには一連の奇妙なリンク オプションが必要ですmpicc。そのため、プロセスを自動化するためのツールが存在します。ただし、D で MPI を使用しようとしている場合、これは役に立ちません。適切なリンカー オプションを使用していないためだと思います。mpiccDMDに同じことをさせる方法と方法を教えてください。

編集: を使用して答えを見つけましたmpicc -showme。これは、どのコマンドmpiccが に転送されるかを示していますgcc。ただし、ヘッダー ファイルの変換が間違っていることにも気付きました。次の質問: どのようにそれを正しく行うか.

Windows XP 上で動作する MPI (MPICH2) 経由で分散コンピューティング クラスターをセットアップしようとしています。次の行に沿って、単一のコマンドを実行しようとしています

考えられる原因は何ですか? ping が機能するため、ネットワークに問題がないことはわかっています。

mpiexec.exe と smtpd.exe は、どちらも Windows ファイアウォールの例外としてリストされています。

この問題の考えられる原因は何ですか? 私のGoogle-fuは私を失敗させました！(認証と関係があるのでしょうか? -logon を使用してみましたが、何も変わりません。認証の問題である可能性がある場合、自分のユーザー名/パスワードを見つけるにはどうすればよいですか (または、コンピューターのユーザー名/パスワード）？）

私はMPIの仕組みに不慣れなため、無知をお許しください。

Microsoft の MPI の実装を試しています。ここからCCP SDKをインストールしました：

http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=239

そして、私のプロジェクト設定で、include フォルダー、lib フォルダーを追加し、msmpi.lib に言及しました。

残りの設定はそのままでプログラムをビルドし、コマンドプロンプトでプログラムを実行しますが、起動しても何も起こりません。

コードは次のとおりです (各スレッドの ID 番号を表示することになっています)。

mpiexec.exe (コマンドはコメントにあります) を実行するとすぐに、Ctrl-C を押すまで、プログラムは何もしません。私が間違っていることを誰かが知っていますか？プログラムをビルドしてもエラーは発生せず、Visual Studio から実行すると、プロセスが 1 つしか起動していないかのように動作します。

次の 3 つのコマンドのそれぞれで同じエラーが発生します。ifconfigからの私のIPアドレスです。何がうまくいかないのかについてのアイデアはありますか？昨夜はうまくいきました。

http://www.southampton.ac.uk/~sjc/raspberrypi/pi_supercomputer_southampton.htmのチュートリアルに従っています

これは私の初めての投稿ですので、書式設定の問題をお許しください。

外部プロセスを生成し、それらの IO を監視する対話型プログラムがあります。「mpiexec」で何かを生成するまで、問題なく動作します。その後、STDIN が壊れているように見えます。

ほとんどの人にとってこれを再現するのは難しいと思いますが、誰かが明らかなことを見たり、この問題を知っている場合は....助けてください!

ここにスニペットがあります：

パイプ、明示的なフォーク、細心の注意を払った記述子管理など、さまざまなことをたくさん試しました。最も奇妙なことは、標準入力を複製して保存し、「mpiexec」が戻った後にそれを復元すると、std::cin で EOF を取得しなくなり、代わりに std::getline(std::cin,... ) もうブロックしません! プログラムは、std::readline 呼び出しで std::cin からゼロバイトを読み取る無限ループに入ります。

外部プロセスが mpiexec の下で実行されている間に、大量のデータを std::cin にスタックすると (たとえば、入力することによって)、その後 std::readline を呼び出すと、スタックしたデータ行が正しく解析されますが、繰り返します...そのデータの読み取りが完了すると、無限ループに入り続けます(つまり、読み取るデータがなくても、std::readline(std::cin,..) でブロックされません!うーん。とても迷惑。

どんな助けでも大歓迎です。

乾杯！