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使用perlbrewしていますが、最新のbioperlバージョンをインストールしたいと思います。または使用する必要がありますcpanmかgit？

もしgit-私はいつものようにインストールしますか（別名git clone ...、作成してビルドします）、それとも何か特別なことをする必要がありますか？

アップデート

具体的には、BioPerlUsingGitマニュアルの次の専門家を理解しているかどうかわかりません。

perlにBioPerlの場所を教えてください（$ HOME / srcのコードをチェックアウトしたと仮定します。これを.bash_profile、.profile、または.cshrcに設定します）。

bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"

なぜこれが必要なのですか？

更新2

bioperl cloned dirをエクスポートするだけでは、すべてのbp_***.plスクリプトに影響するわけではありません（通常、通常のインストール/usr/bin/後に表示されます）。Build

また、を使用して正しいperlバージョンに切り替えた後、クローンディレクトリからビルドしようとしましたが、cpanシェルを実行して、 （とは対照的に）perlbrerwうまく機能しないように見えるいくつかの依存関係をインストールします。perlbrewcpanm

だから、私の質問は残っています...

ありがとう！

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最新のBioPerlは常にGitHubにあるので、gitが答えです。最先端が必要かどうかは別の話ですが、BioPerlメーリングリストをしばらくフォローした後、BioPerlに問題がある場合、特にほとんどの場合、開発者は「 GitHubからインストール」と言う可能性が高いと感じています。 CPANの最近のバージョンは2009年のものです。それ以来、多くの開発が行われています。

git clone ...インストールに関しては、perlを使用した後、標準のmake / buildダンスを実行できない理由がわかりません。perlbrewこれは、一種のポイントですperlbrew。:-)

質問の更新の更新：設定に関する宣伝文句があります。これは、;PERL5LIBを介してクローンを作成した後は、おそらくBioPerlをビルドする必要がないためです。git箱から出してすぐに使用できます。のディレクトリにクローンを作成していないと仮定すると@LIB、Perlにどこにあるかを指示する必要があります。を使用しているかどうかに関係なく、これを行う必要がありますperlbrew。

基本的に、プロセスは次のようになります。

  1. GitHubのBioPerlのクローンを作成します。
  2. perlbrewインストールされているPerlを使用していることを確認してください。
  3. PERL5LIBBioPerlの指示に従って環境変数を設定します。
  4. perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;'チェックアウトしたばかりのBioPerlを使用していることを確認するために実行します。

ソースコードを見ると、＃4は1.006900を出力するはずだと思います（または1.6.9かもしれませんが、Perlのバージョン番号をまっすぐに保つことはできません）。

于 2010-09-17T17:10:23.060 に答える