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Circosをインストールしたいです。Circos Web サイトの指示に従いました。特に、不足している perl モジュールをチェックしました。私はそれらのいくつかを見逃しています：

missing            Font::TTF::Font
missing            GD
missing            GD::Polyline
missing            SVG
missing            Statistics::Basic
missing            Text::Format

そこで、Circos Web サイトの Mac OS X への Perl モジュールのインストールに関する指示に再度従いました。具体的には、Paulo Nuin のブログ投稿 の詳細な手順に従いました。Freetype と Fontconfig が見つからなかったので、それらをインストールしました。

ここで、libgd-2.2.1 の構成を実行すると、次の構成の概要が表示されます。

Support for Zlib: yes
Support for PNG library: yes
Support for JPEG library: yes
Support for WebP library: no
Support for TIFF library: no
Support for Freetype 2.x library: yes
Support for Fontconfig library: yes
Support for Xpm library: no
Support for liq library: no
Support for pthreads: yes

それは私には十分に見えます。しかし、make を実行すると、エラーが発生します。

clang: warning: argument unused during compilation: '-pthread'
ld: malformed 64-bit a.b.c.d.e version number: 4.20201
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make[2]: *** [libgd.la] Error 1
make[1]: *** [all] Error 2
make: *** [all-recursive] Error 1

機能していなかったので、Stackoverflow でこの推奨事項に従い、実行しました

brew install gd

（実行してbrewを更新する必要がありました

cd /usr/local/Library
git pull origin master

Stackoverflow でこの回答に従ってください。)

しかし、私はエラーが発生します:

Error: You must `brew link libpng freetype` before gd can be installed

「brew link libpng freetype」を実行すると、別のエラーが発生します。

Linking /usr/local/Cellar/libpng/1.6.21... 
Error: Could not symlink bin/libpng-config
Target /usr/local/bin/libpng-config
already exists. You may want to remove it:
  rm '/usr/local/bin/libpng-config'

To force the link and overwrite all conflicting files:
  brew link --overwrite libpng

To list all files that would be deleted:
  brew link --overwrite --dry-run libpng

最終的にCircosを実行できるようにするための解決策はありますか?

よろしくお願いします。

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最後に、/usr/local のパーミッションを変更して問題を解決しました。

sudo chown -R $(whoami) /usr/local

brew webpageの推奨事項に従います。

これが解決したら、Paulo Nuin の投稿 の最後の手順で説明したように、GD を Perl にインストールしました。

于 2016-05-26T08:43:43.133 に答える