問題タブ [circos]

perl 用の GD ライブラリをインストールしようとしましたが、長い間役に立ちませんでした。インターネットで見つけたあらゆることを試しましたが、何もありませんでした。GD パッケージを必要とする Circos グラフを取得しようとしています。

CPAN からインストールしようとすると、次のエラーが表示されます。

--enable-shared --enable-static オプションを使用して jpeg ライブラリを再インストールしようとしましたが、どちらも役に立ちませんでした。また、Mac に付属の perl インストールを台無しにしてしまったのではないかと考えて、MacPorts バージョンの perl もインストールしました。なぜこれが起こっているのか誰にも分かりますか？

（はい、私はターミナルの世界に比較的慣れていないので、まだ自分の道をナビゲートしようとしています）

ありがとう！

次のCircosダイアグラムは、説明のために SVG ファイルとしてレンダリングし、PNG に変換したものです。

外側の縁を囲むテキスト ラベルは、12 時から 9 時の方向に正しく配置され、灰色の弧から離れて外側に向いています。

9 から 12 の間では、テキスト ラベルは内側に向けられ、灰色の円弧に重なっています。これは想定外です。

問題を明確にするために、クローズアップを次に示します。

SVG の代わりに Circos から PNG を出力すると、ラベルは正しく描画されますが、Adobe Illustrator または Inkscape でベクトル形式の SVG 図をマークアップする機能が失われます。だから私はSVG出力が必要です。

circos.confラベルの追加に関連するファイルのスニペットを次に示します。

これを解決するために適用できる他のオプションがわかりません。私の質問は: SVG 出力を修正する、この構成ファイルまたは別の構成ファイルで何を試すべきですか? アドバイスありがとうございます。

python パッケージまたは他の python ライブラリを使用してサーコス スタイルのプロットを作成する方法があるかどうかを知っている人はいますか? matplotlib例のように見栄えがする必要はありません。

誰かがサーコの「こんにちは世界」の例を教えてくれますか? (www.circos.ca)

圧縮されたディストリビューションで提供されるチュートリアルがたくさんあることは知っていますが、私が学ぶ方法は、最小限の構成を取得してから構築することです-そして、それを見つけることができませんでした.

それで、誰か私を助けてください。

D3で弦図を作成したいのですが、次のCircosの例のように、間隔と正確な位置の関係を指定します。

D3でそれを行う方法はありますか？

そうでない場合は、他のJavaScriptデータ視覚化ライブラリでそれを行う方法はありますか？

Circosのセットアップの一環として、いくつかの perl モジュールをインストールしようとしています。ターミナルで cpan を使用してモジュールをインストールしています。初期設定はうまくいっているようですが、インストールの最終段階で Makefile が書き込まれているときにすべてのモジュールが失敗します。

エラーは次のようになります。

唯一のオプションは、cpan を使用する代わりにモジュールを手動でインストールすることだと思いますが、ここで質問をする価値があると考えました。

ClonePerl モジュールのリストに明らかに含まれています。このエラーが発生するのはなぜですか?

Mac OS X v10.8 (Mountain Lion)で Perl 5.16 を実行しています。

.tar ファイルから再インストールしようとしましたが、次のエラーが表示されます。

dyld: 遅延シンボル バインドに失敗しました: シンボルが見つかりません: _Perl_Gthr_key_ptr

このエラーについてオンラインで多くの質問がありますが、解決策はほとんどありません...

ここの指示に従って（ https://mikewest.org/2007/04/installing-libgd-from-source-on-os-x）、ここでいくつかの詳細情報をピークにして、Mac OSX 10.9にlibgdをインストールしようとしています( MacOSX 10.6 に perl 用の GD ライブラリをインストールする)。

主な目標は、Circos をインストールして使用できるようにすることです。

私はすべての手順に従って、さまざまなライブラリ libpgn、pibjpeg、および freetype を主に使用してインストールしました./configure && make && make sudo install...ただし、1) ./congigurelibgd からのコマンドは、インストールしたばかりのライブラリを見つけられず、得られるものは次のとおりです。

私はREADMEファイル（yeeee）を読んで、etcを使用することを提案しました--with-png=myDirectory --with-freetype=myDir..私はそれをしました（それが違いを生んだかどうかはわかりません）が、makeコマンドに到達すると次のエラーが発生します

...パスティの詳細: http://pastebin.com/BuvskMPe

オンラインで読んでいますが、Xcodeとgccに関係しているようですが、これをトラブルシューティングする方法がわかりません。

どんな助けでも素晴らしいでしょう!!