以下のような複数行のテキスト レコードを解析しています。
> UniRef50_A0A091LJV8 Lysozyme g (Fragment) n=2 Tax=Chlamydotis
macqueenii RepID=A0A091LJV8_9GRUI
Length=186
Score = 114 bits (285), Expect = 3e-30, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 54/83 (65%), Positives = 65/83 (78%), Gaps = 0/83 (0%)
Query 1 ASCKTAKPEGLSYCGVSASKKIAERDLQAMDRYKTIIKKVGEKLCVEPAVIAGIISRESH 60
AS TA+PEGLSY GVSAS+KIAE+DL+ M +++ I +V V+PA+IAGIISRESH
Sbjct 17 ASEATARPEGLSYAGVSASEKIAEKDLKNMQKHQDKITRVANSKGVDPALIAGIISRESH 76
Query 61 AGKVLKNGWGDRGNGFGLMQVDK 83
G VL+NGWGD N FGLMQVDK
Sbjct 77 GGTVLENGWGDHNNAFGLMQVDK 99
このようなレコードからデータを抽出するために、いくつかの正規表現を使用します。これらはすべて、clang (MacOS X) および gcc 4.9.2 (Ubuntu) でコンパイルした場合に機能します。regex_error
ただし、gcc でコンパイルすると、そのうちの 1 つがスローされます。最小限の(非)作業例を次に示します。
#include <regex>
const std::string regex_string_OK_1 = "\\[(.+?)\\]";
const std::string regex_string_OK_2 = "Tax\\s*?=\\s*?([\\n\\w ]*?)\\s*?RepID";
const std::string regex_string_PROBLEM = "Query\\s+?(\\d+?)\\s+?([_\\-[:alnum:]]+?)\\s+?(\\d+?)\\n.+?\\nSbjct\\s+?(\\d+?)\\s+?([_\\-[:alnum:]]+?)\\s+?(\\d+?)\\n";
int main(int argc, const char *argv[]) {
std::regex regex_OK_1(regex_string_OK_1);
std::regex regex_OK_2(regex_string_OK_2);
std::regex regex_PROBLEM(regex_string_PROBLEM); // This line throws regex_error on Ubuntu
return 0;
}
https://myregextester.comですべての正規表現文字列をテストしましたが、問題なく動作します。また、clang を使用して MacOS でコンパイルされたコードは、多くの実際のケース データを問題なく解析します。しかし今、Linux/gcc システムでコードを実行する必要があります。