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私は Google ゲノミクス API を初めて使用します。注釈を作成しようとしています。Web バージョンと Python API 呼び出しの両方を使用しました。

service.annotations().create(body={ 'annotationSetId': '101', 'name': 'TestAnnotation', 'referenceName': 'chrM', 'start': '1', 'end': '1'}, fields='id')

注釈の例を次に示します。

{
  "annotationSetId": "101",
  "name": "TestAnnotation",
  "referenceName": "chrM",
  "start": "1",
  "end": "1",
}

どちらの場合も次のエラーが発生します。

500 Internal Server Error
{
 "error": {
  "code": 500,
  "message": "Unknown Error.",
  "status": "UNKNOWN"
 }
}

なにか提案を？

もう1つの観察。

datasetIdとnameを送信するだけでバリアント セットを追加できます。referenceIdを指定する必要はありませんが、referenceIdなしで注釈セットを作成することはできません。なんで？

400 HTTP/2.0 400
- SHOW HEADERS -
{
 "error": {
  "code": 400,
  "message": "Invalid value for field \"annotationSet.referenceSetId\": empty or not specified",
  "status": "INVALID_ARGUMENT"
 }
}

ところで、呼び出し元の WRITE パーミッションを設定するにはどうすればよいですか?

呼び出し元には、関連付けられた注釈セットに対する WRITE 権限が必要です。

前もって感謝します！

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6 に答える 6

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注釈に REST API を使用するには:

gcloud auth login
TOKEN=$(gcloud auth print-access-token)
curl -v -X POST -H "Authorization: Bearer $TOKEN" -d '{"datasetId": "YOUR_DATA_SET" ,  "referenceSetId": "EMWV_ZfLxrDY-wE" }'  --header "Content-Type: application/json" https://genomics.googleapis.com/v1/annotationsets
于 2016-06-14T23:03:12.120 に答える
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以前のコメントが適切にフォーマットされていなかったので、代わりに回答として書いています。この特定のテストでは、アカウントの課金を有効にする必要があるため、ガイドは Discovery サービスを介した Genomics REST API の生の情報です。

https://www.googleapis.com/discovery/v1/apis/genomics/v1/rest

REST API に基づいて、AnnotationSet を作成するためのスコープは次のとおりです。

"https://www.googleapis.com/auth/cloud-platform", "https://www.googleapis.com/auth/genomics"

認証エラーが発生しているため、最初にコンソール ( https://console.cloud.google.com ) で、使用した API (サーバー) キーに関連付けられているプロジェクトを確認することをお勧めします。 Genomics API と Cloud API が有効になっていますか?

~p

于 2016-06-10T05:41:24.413 に答える
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公開リファレンスは次のとおりです: https://console.cloud.google.com/storage/browser/genomics-public-data/references/

ここで ReferenceID を取得できます: https://developers.google.com/apis-explorer/#p/genomics/v1/genomics.referencesets.search

于 2016-06-10T17:34:41.280 に答える