特定の共変量に対して生成された生存曲線に「全体的な」生存曲線を追加しようとしています。曲線は R のサバイバルと ggsurv (GGally) を使用して生成されます。
R のサバイバル パッケージのコロン データセットを使用してシナリオを再作成します。
# Load the dataset
library (survival)
library(GGally)
data(colon)
# This generates the overall survival curve (without covariates):
kms_avg <- survfit(Surv(time, status)~1, data =colon)
g_avg <- ggsurv(kms_avg, surv.col="red", xlab="Time (days)", lty.ci=0)
g_avg
# This generates the survival curve for covariate 'rx'
table(colon$rx)
kms_rx <- survfit(Surv(time, status)~rx, data =colon)
g_rx <- ggsurv(kms_rx, surv.col="red", xlab="Time (days)", lty.ci=0)
g_rx
ここで、g_rx プロットに全生存線を追加する必要があります。g_rx、g_avg は ggplot2 オブジェクトです。
# Extract the time, surv values (x,y axis values) from g_avg object
s_avg <- summary(kms_avg)
s_time <- s_avg$time
s_surv <- s_avg$surv
s <- data.frame(time=s_time, surv = s_surv)
今、g_rx オブジェクトに行を追加しようとしています。
g <- g_rx + geom_point() + geom_point(data=s, color="black")
g
Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'group' not found
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