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特定の共変量に対して生成された生存曲線に「全体的な」生存曲線を追加しようとしています。曲線は R のサバイバルと ggsurv (GGally) を使用して生成されます。

R のサバイバル パッケージのコロン データセットを使用してシナリオを再作成します。

    # Load the dataset
    library (survival)
    library(GGally)
    data(colon)

    # This generates the overall survival curve (without covariates):
    kms_avg <- survfit(Surv(time, status)~1, data =colon)
    g_avg <- ggsurv(kms_avg, surv.col="red", xlab="Time (days)", lty.ci=0)
    g_avg



    # This generates the survival curve for covariate 'rx'
    table(colon$rx)
    kms_rx <- survfit(Surv(time, status)~rx, data =colon)
    g_rx <- ggsurv(kms_rx, surv.col="red", xlab="Time (days)", lty.ci=0)
    g_rx

ここで、g_rx プロットに全生存線を追加する必要があります。g_rx、g_avg は ggplot2 オブジェクトです。

# Extract the time, surv values (x,y axis values) from g_avg object  
s_avg <- summary(kms_avg) 
s_time <- s_avg$time 
s_surv <- s_avg$surv 
s <- data.frame(time=s_time, surv = s_surv)

今、g_rx オブジェクトに行を追加しようとしています。

g <- g_rx + geom_point() + geom_point(data=s, color="black")
g
 Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'group' not found 

助けてください!

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