問題タブ [ggally]

これは前の質問の編集版です。

m個の変数（遺伝子など）に対するn個の観測値（サンプル）のm行n列のテーブルが与えられ、観測値の各ペア間の変数の動作を調査しようとしています-たとえば、正または負の値が最も高い2つの観測値相関。この目的のために、私はStadleret.alで素晴らしいチャートを見てきました。ネイチャーペーパー（2011）：

ここでは、使用するサンプルデータセットである可能性があります。

私はすでにこれを生成するgpairs(samples)パッケージをテストしました。gpairsこれは良いスタートですが、右上のセクションに相関係数を配置するオプションも、下隅に密度プロットを配置するオプションもありません。

次にggpairs(samples, lower=list(continuous="density"))パッケージを使用GGallyしました（以下のコメントをありがとう@LucianoSelzer）。これで、上隅に相関関係があり、下隅に密度がありますが、対角線のバープロットが欠落しており、密度プロットはヒートマップ形式ではありません。

目的の画像（最初の画像）にさらに近づけるためのアイデアはありますか？

次のようなコードで GGally パッケージの ggpairs を使用して、特定のプロットを作成しようとしています。

私の問題は、プロットの両側から「total_bill」、「tip」、「sex」というラベルを削除する方法がわからないことです。これを行う方法はありますか？

対角線に密度プロットを含む散布図マトリックスを生成しようとしています (できれば ggplot を使用)。ggpairsGGally パッケージのドキュメントには次のように記載されています。

diag は、変数 'c​​ontinuous' および 'discrete' のみを含むリストです。diag リストの各要素は、次のオプションを実装する文字列です。離散 = ('bar', 'blank') の 1 つ。

これは、を使用してこれが可能であることを示唆しています(??) diag=list(continuous="density")。

しかし、次のコード：

これを与える：

私は何を間違っていますか？

NB: で同じことをしようとすると、次のようになりplotmatrix(xx)ます。

これは、明らかに、適切なファセットのサブセット化にxx基づく範囲ではなく、完全なデータセットに基づく範囲を使用して、各対角ファセットで密度プロットがスケーリングされるためです ( )。xx結果として、2 行目 (disp) は disp の範囲が最も大きいため良さそうに見えますが、1 行目と 4 行目はクランチされています。

関数（Rパッケージ）でstat_binhex()統計を使用したいと思います。たとえば、このプロットでは の代わりにを使用したいと思います。それは可能ですか？ggplot2ggpairs()GGallystat_binhex()geom_point()

ご協力いただきありがとうございます！

以下の最初のプロットを生成する Shiny アプリにいくつかのコードがあります。ご覧のとおり、フォント サイズは相関係数のサイズによって異なります。ggpairs (GGally) や ggplot2 で同様のものを作成したいと思います。以下の 2 番目の画像は、次のコードで生成されました。

ご覧のとおり、相関フォントのサイズはサイズを使用して調整できますが、サイズのベクトルを設定すると、最初の値のみが使用されます。また、「Corr:」を削除して、有意性の指標を追加したいと思います。相関係数の記号に色を使用するのもいいでしょう。methodとはリンクfillしていませんsmooth。2番目のプロットを取得して1番目のより多くの機能をキャプチャする方法についての提案は素晴らしいでしょう.

アンスコムのデータ:

最小限のケースは次のとおりです。

mappingここで、既存のオブジェクトに別の美学 (色) を追加 (または上書き) したいと考えています。希望のプロットは

これには便利な関数が存在すると確信していますが、ドキュメントには記載されておらず、ソースを閲覧しても役に立ちませんでした。私はかつてのようなものに出くわしたようですがAddOrOverrideAes、正確にどこにあるのかわかりません。

私の現在の解決策は次のとおりです。

追加には問題なく機能しますが、上書きには機能しません (この aes が既に存在するかどうかはチェックされません)。車輪の再発明ですか？

これの動機は GGally のggpairsカスタマイズです。この質問を参照してください。

編集：

ワークフローは次のとおりです。既存のmappingものをパラメーターとして取得し、その場で変更して、さらに別の関数に渡します。「最終」の ggplot 呼び出しを変更できません。

GGallyパッケージを少し試してみました。特に ggpairs 関数。ただし、スムーズにプロットするときに lm の代わりに loess を使用する方法がわかりません。何か案は？これが私のコードです：

ありがとう！

PSはplotmatrix関数と比較して、ggpairsははるかに遅いです...その結果、ほとんどの場合、ggplot2のplotmatrixを使用します。