私は JAGS を初めて使用し、9 つの非連続予測子を使用してバイナリ結果 (0/1) を予測しようとしています。Predictor の値は 0、1、または 2 です。これは初めてのことで、モデルを実行することはできますが、ここには多くの問題があることは 100% 確信しています。
データファイルのサンプル(一覧)
$y
[1] 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0
[29] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0
$N
[1] 50
$oAnt
[1] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1
[29] 1 1 1 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1
$nAnt
[1] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
[29] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
$cAnt
[1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0
[29] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0
$oPen
[1] 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0
[29] 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 0 2 1 1
$nPen
[1] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1
[29] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1
$cPen
[1] 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 0 0
[29] 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0
$oFin
[1] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1
[29] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
$nFin
[1] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1
[29] 1 1 1 1 2 1 1 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 3
$cFin
[1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1
[29] 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0
モデル
model {
for( i in 1 : N ){
y[i] ~ dbern(mu[i])
mu[i] <- 1/(1+exp(-(b0 + b1*oAnt[i] + b2*nAnt[i] + b3*cAnt[i] + b4*oPen[i] + b5*nPen[i] + b6*cPen[i] + b7*oFin[i] + b8*nFin[i] + b9*cFin[i])))
}
b0 ~ dnorm(0, 1.0e-12)
b1 ~ dnorm(0, 1.0e-12)
b2 ~ dnorm(0, 1.0e-12)
b3 ~ dnorm(0, 1.0e-12)
b4 ~ dnorm(0, 1.0e-12)
b5 ~ dnorm(0, 1.0e-12)
b6 ~ dnorm(0, 1.0e-12)
b7 ~ dnorm(0, 1.0e-12)
b8 ~ dnorm(0, 1.0e-12)
b9 ~ dnorm(0, 1.0e-12)
}
モデルからの推定値を初期値glm()
として使用しました (A. Gelman の提案による) が、簡単にするために、チェーンの初期値を JAGS に選択させると仮定しましょう。
ランニングモデルなど
jagsModel = jags.model(file = "antPenFin.txt", data = dataList, n.chains = 2, n.adapt = 500)
update(jagsModel, n.iter = 500)
codaSamples = coda.samples(jagsModel,
variable.names = names(dataList)[3:11], n.iter = 5000)
問題
私のモデルの出力は完全にオフに見えます (プロットしようとすると明らかになります)。ここには非常に基本的な問題があると確信しています。誰か助けてくれませんか?
どうもありがとう。