r - igraphでモチーフをプロットするには?

Question

igraph パ​​ッケージを使用して, タンパク質間相互作用ネットワークのモチーフを取得します. ベクトル出力があります. しかし, モチーフのプロットまたは描画, モチーフの図が必要です.

R のコード:

 motifs(graph_object, size = 3)

出力：

1該当なし 該当なし 5 3

Rとigraphでモチーフのプロットを取得するにはどうすればよいですか? ここに 4 つのモチーフがありますか。

注: この質問は、iGraph を使用して R でモチーフをマイニングする方法とは異なります

Answer 1

検索したいモチーフを「テンプレート グラフ」として構築し (たとえば、三角形のグラフを作成します)、subgraph_isomorphismsテンプレート グラフの頂点からタンパク質間相互作用ネットワークの頂点からすべてのマッピングを見つけるために使用します。とinduced_subgraph組み合わせてlapply、マッピングのリストを実際のモチーフに変換します。例：

> pattern <- graph.full(3)
> my.graph <- grg.game(100, 0.2)        # just an example graph, use yours
> iso <- subgraph_isomorphisms(pattern, my.graph)      # takes a while
> motifs <- lapply(iso, function (x) { induced_subgraph(my.graph, x) })

motifsはグラフのリストになり、 を使用してそれらを 1 つずつプロットできますplot()。