1

次のようなsnakemakeというpython-dslを使用しています:

from bx.intervals.cluster import ClusterTree

from epipp.config import system_prefix, include_prefix, config, expression_matrix
config["name"] = "correlate_chip_regions_and_rna_seq"

bin_sizes = {"H3K4me3": 1000, "PolII": 200, "H3K27me3": 200}

rule all:
    input:
        expand("data/{bin_size}_{modification}.bed", zip,
               bin_size=bin_sizes.values(), modification=bin_sizes.keys())

rule get_gene_expression:
    input:
        expression_matrix
    output:
        "data/expression/series.csv"
    run:
        expression_matrix = pd.read_table(input[0])
        expression_series = expression_matrix.sum(1).sort_values(ascending=False)
        expression_series.to_csv(output[0], sep=" ")

run:ブロック内のものに対して yapf を実行したいと思います。

キーワードなど、python に存在しないものを yapf に無視させrule、ファイルの特定の部分でのみ使用させることは可能ですか?

4

1 に答える 1