問題タブ [snakemake]

snakemake は、コンパイルよりもワークフローに重点を置いた、make の python に似た代替品です。これは非常に優れていますが、非常に新しく、Emacs でそのモードを見つけることができないようです。私は非常に単純なものが欲しいだけです: 基本モードからの非常にわずかな変更です.

make と同様に、snakemake はインデントについて厳密です (実際のタブ "\t" 文字であり、TAB を入力したときのデフォルトの emacs の動作ではありません)。代わりに「Cq TAB」と入力すると、実際のタブ文字がバッファに配置されます。これは機能します。基本モードの Snakefile で試してみたところ、完全に実行されました。したがって、このモードで TAB が必要になるたびに「Cq TAB」と入力するのを避けるために、snake-mode に最初に追加したいのは、TAB キーを「Cq TAB」(またはこのようなもの) に再バインドすることです。だから私はemacsのマニュアルを熟読して試しました：

しかし、これと他の代替手段は機能していません...おそらくTABキーのような標準キーの再バインドは推奨される方法ではありませんか?

私が望むスネークモードへのもう1つの追加は、pythonに従って構文を強調表示することです（ただし、pythonの動作、たとえば、pythonのインデント動作はありません）

結論として、「スネークモード」を作成する際の基本モードへのこれら2つの簡単な変更と、ファイル名が「スネークファイル」の場合にスネークモードを呼び出す方法だけが私が探していたすべてでしたが、すでにいくつかの時間を費やしました何時間も emacs のマニュアルを熟読したり、グーグルで検索したりしましたが、私はまだ親しくないようです。これは非常に単純であり、それが可能であると確信しています。何かアドバイス？

ありがとう

マレー

私は現在、シェルコマンド中にいくつかの出力を生成し、これらの出力の一部を別のテキストファイルに抽出するはずのsnakemakeファイルに取り組んでいます。ただし、取り除くことができないエラーが発生します。

コード：

エラーメッセージ：

では、無効なポインターが他のエラーの原因ですか?

ベスト、マルセル

パンダ ライブラリのインストールに問題があります。私は現在、LMDEの下でPythonバージョン2.7および3.4​​でsnakemakeを使用しています。私は次のことを試しました：

次のエラーが発生するため、これは機能しません。

私は、snakemakeがpython 3に基づいているためだと考え、この投稿から解決策を試しました。これは機能していません（とにかくvirtualenvの概念がよくわかりません）：

それから私は試しました：

うまくいきましたが、次のエラーが発生しました。

この投稿から、バージョンの問題のように見えます。これは > 0.15 である必要があります。最後のコマンドは pandas 0.14 をインストールしたと言っていましたが、確認したところ、次のようになりました。

Python のバージョンと pandas のバージョンの間で、どうすればよいかわかりません。どんな助けでも大歓迎です。

ファイルのリストをループして、その数に応じて操作を適用しようとしています。最初にlsコマンドを使用してみましたが、出力はリストではありません:

出力

私はこの別の構文を試しました：

ローカルでは問題なく動作しましたが、これをシェル コードとしてスネークメイクワークフローに使用すると、構文エラーがスローされます。

bashインタープリターに問題があると思いますか？これらのファイルを他にどのようにループできるか手がかりはありますか?

ありがとう

編集：私も試しました

出力する

私はsnakemakeワークフロー用のSnakefileを書いています。私のワークフローの一部として、データベース内の一連のレコードが変更されたかどうか、およびそれらが再ダウンロードされたかどうかを確認する必要があります。

私が考えたのは、データベースのタイムスタンプをチェックして出力ファイルに書き込むルールを作成することでした。そして、タイムスタンプ ファイルをダウンロード ルールへの入力として使用します。問題は、タイムスタンプ ファイルが書き込まれると、タイムスタンプ ルールが再度実行されないため、タイムスタンプが更新されないことです。

このルールを毎回実行する方法はありますか。(シェルから強制できることはわかっていますが、Snakefile で指定したいと思います) または、これを処理するためのより良い方法はありますか?

4 時間ごとに新しいデータ ファイルで更新される Linux VM があります。ファイルは、01 から 10 までの番号が付けられたディレクトリに編成されています。

アップロードされたファイルを別のファイル タイプに変換する実行可能ファイル (convert.exe) があります。

ファイル (convert.exe) を処理して別のディレクトリにリダイレクトするパイプラインを開発したいと思います。

私はすでにこれを一連のLinux bashスクリプトでプログラムしました。次のコードを使用します。

ただし、アクセスできる処理能力を使用して、複数の CPU で並行して実行し、よりリアルタイムの変換方法と結果を取得したいと考えています。

Python に変更し、snakemake を使用してコマンドを配布することを計画していました。

私はプログラミングは初めてではありませんがpython、snakemakeコマンドは初めてです。

このプロセスを開始する方法について、誰かが洞察を提供できるかどうか疑問に思っていますか?

必要に応じて、4 時間ごとにファイルが新しい情報で更新されます。つまり、その特定のファイルに対して新しい情報が処理された場合 (ファイルは人に対応します)。

このコマンドを実行して、.stp ファイル (4 時間ごとに更新されるファイル) を .xml ファイルに変換しています。

私のスクリプトはSnakemake（pythonベース）にありますがconvert.exe、シェルコマンドを使用して実行しています。

convert.exe を使用して既に処理されたものでエラーが発生します。それらはconvert.exe書き込み禁止として保存され、実行可能ファイル自体の中でこれをバイパスするオプションはありません。

エラーメッセージ：

それらを書き込み保護したいのですが、必要に応じて更新できるようにしたいと考えています。

書き込み保護されたファイルを上書きするために、シェル コマンドに追加できるものはありますか?

次のようなsnakemakeというpython-dslを使用しています：

run:ブロック内のものに対して yapf を実行したいと思います。

キーワードなど、python に存在しないものを yapf に無視させrule、ファイルの特定の部分でのみ使用させることは可能ですか?