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私はNetworkXpythonモジュールを使用してグラフを操作していますが、これまでのところ満足しています。
NetworkX
ただし、グラフをLEDA 形式のファイルに書き込もうとしました(詳細はこちら)。ドキュメントには、それを行う機能については言及されていないようです(LEDA形式のグラフを読み取って解析する方法しか見つかりませんでした)。見たことのない LEDA 形式でグラフを書き込む機能はありますか?NetworkX