こんにちは、リストに関数を適用する形式である multiphylo オブジェクト内のすべてのツリーを並べ替えようとしていますが、これは以前に行ったことがあります。ただし、パッケージ APE から「再注文」コマンドを取得して、マルチフィロ オブジェクト全体で lapply または treeapply を操作できないようです。私の関数は、lapply を使用して multiphylo オブジェクト全体で実行されますが、実際にはツリーを並べ替えません。元の順序付けられていないツリーを返すだけのようです。どんな助けでも大歓迎です！
私のコードの例
編集:それは私のデータだけではないようです。100 本の木をシミュレートするコード行を追加しましたが、関数はシミュレートされた木を適切に並べ替えません。
#I normally read my multiphylo object in from a file, but simulate one
#here as an example
#trees<-read.trees("multiphyloobject.tre")
#Simulate 100 trees
trees<-pbtree(n=100,scale=10,nsim=100)
myfun <- function(x) {
reorder(x,order="pruningwise")}
ordtrees<-lapply(trees,myfun)