2 つの OTU テーブル (基本的に存在量マトリックス) に基づいて、cor.test を実行しようとすると問題が発生します。
8 つの異なるサンプリング スポット (列 1 から 44) を含むテーブルがあり、各サンプリング スポットについて、変数 (VARIABLE1、最初の行) と一連の種の存在 (行の OTU) を測定しました。以下に、これらの OTU テーブルがどのように見えるかの例を示します。
サンプル 1 ～ 8 は列です
#OTUID 1 2 3 4 5 6 7 8
OTU1 0 0 0 0 0 3 0 0
OTU2 0 0 0 0 0 0 13 0
OTU3 5 99 0 0 0 0 0 0
OTU4 0 0 0 0 0 0 0 0
OTU5 0 0 0 0 0 0 0 2
OTU6 0 0 19 0 9 236 59 2
OTU7 0 55 0 2 4 2 3 0
OTU8 0 44 10 5 0 0 7 0
OTU9 6 0 13 2 0 0 17 6
OTU10 0 100 0 0 0 3 0 0
OTU11 4 13 0 0 2 1 2 0
OTU12 0 0 0 0 0 101 1 0
これらのテーブルを 2 つ .biom 形式で持っています。対になったサンプル間のスピアマンの相関係数 (R) を計算したい (例: sample1(OTU テーブル 1) 対 sample1(OTU テーブル 2); sample2(OTU テーブル 1) 対 sample2(OTU テーブル 2) など)各OTU用。約 100 のサンプルと 4000 OTU の豊富なデータがあります。したがって、4000 OTU ごとに 44 ペアのデータの相関係数を計算したいと思います。したがって、基本的には、サンプルごとに 1 回 ~4k の長さのベクトルを相関させるだけです。
最後に、各サンプルの 4k の長さのベクトルの相関の平均を取り、これらの平均を散布図にプロットします。
私の豊富なデータはすべてこの .biom 形式であることを覚えておいてください! 操作しやすいように、すべてを .txt に変換しました。
再度、感謝します！！
これがどのように見えるかの例は次のとおりです。
サンプルデータは次のとおりです。
OTU テーブル 1: https://1drv.ms/u/s!Ah_Q0DzXKdX-gZUl8SCetQdYE8S3CA
OTU テーブル 2: https://1drv.ms/u/s!Ah_Q0DzXKdX-gZUnaIwEIJiYMnrQIA