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qiime http://qiime.org/install/install.htmlというプログラムをインストールしようとしていますが、手順に従って前提条件のインストールとビルドとインストールを完了しましたが、PythonがdefaultdictCounterを見つけられないためにスタックします。defaultdictをインストールするようにグーグルで検索しましたが、何も見つかりませんでした。defaultdictとcounterをどのようにインストールしますか？これは私が得ているエラーです。ありがとう

2 つの異なる StarCluster AMI (デフォルトの 64 ビット Ubuntu 11.10 と QIIME 1.5 イメージ) で IPython をアップグレードしてみました。いずれの場合も、クラスターを起動すると、初期化スクリプトが「Waiting for JSON connector file...」でハングします。インスタンスにログインしたところ、ipcluster デーモンが実行されていたにもかかわらず、JSON ファイルが profile_default/security に書き込まれませんでした。

これは、IPython 0.12 と 0.13 がコネクタ ファイルを配置する場所の違いでしょうか? それとも、更新された ipcluster が何らかの理由でハングするのでしょうか? 意味のあるログがないように見えるので、何が起こっているのかを理解する方法がわかりません. 最新の IPython を使用するように StarCluster AMI をアップグレードした人はいますか? もしそうなら、どのようにしましたか？

Python で書かれたソフトウェア用に、PHP を使用してインターフェイスを設計する必要があります。現在、このソフトウェアは入力を渡すことによってコマンド ラインから使用されます。ほとんどの入力はテキスト ファイルです。一連のステップがあり、すべてのステップで Python スクリプトが呼び出されます。各ステップは入力としてテキスト ファイルを受け取り、ユーザーが決定したフォルダーに出力テキスト ファイルを生成します。私はsystem()phpを使用していますが、出力が表示されませんが、コマンドラインから同じコマンドを使用すると出力が生成されます。コマンド例：
python /software/qiime-1.4.0-release/bin/check_id_map.py -m /home/qiime/sample/Fasting_Map.txt -o /home/qiime/sample/mapping_output -v

Virtual Box を使用していて、端末で bwa を実行しようとしています。「bwa mem」を使用した参照に対して左右の読み取りを揃えるために、「認識されないコマンド「mem」」というエラーが表示されました。別々に入手する方法、または別の方法で入手する方法はありますか？

.biom テーブルを QIIME から QIIME の「従来の」OTU テーブル形式に変換して、Explicet で使用することはまだ可能ですか? biom-format.org からコマンドを実行してみました

biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt --to-tsv --header-key タクソノミー

しかし、エラーが返されます:

biom convert: エラー: そのようなオプションはありません: --to-tsv

何か案は？

次のようなtxtファイルがいくつかあります（DNA配列とサンプルコードが含まれています）：

ファイルの 1 行おきに最初の 15 文字を削除したいと考えています。GACTACACGTAGTATこれにより、2 行目、4 行目、6 行目、8 行目などから文字列が削除されます。

たとえば、cut コマンドはすべての行の最初の 15 文字を削除できます。

2 行目から 1 行おきに適用したいと思います。