Rにインポートされた150個の遺伝子の樹状図があり、樹状図から独立した0から200までのスコア値を持つ樹状図の同じラベルを持つデータフレームがあります。
たとえば、青から赤への色のグラデーションを使用して、表のスコア値でデンドグラムのラベルに色を付けたいと思います。次のリンクで同様の質問に対する回答を見つけまし た R で追加の因子変数によって樹状図のラベルを色付けする方法&定義されたグループに従って樹状図のラベルに色を付ける方法? (R)
しかし、次の理由により、サンプル コードを自分のコードに変換する方法を見つけることができませんでした。
1)ラベルによってリンクされた外部値を持つデンドグラムと一致するものはなく、
2)ランダムな色ではなく、スコアに応じて色を割り当てたい。
ここに私のコードのデータ例があります
library(ape)
library(dendextend)
# Load tree
MyTree <- read.tree("species_tree.ph")
((アライグマ:19.19959、クマ:6.80041):0.84600、((シーライオン:11.99700、アザラシ:12.00300):7.52973、((サル:100.85930、ネコ:47.14069):20.59201、イタチ:18.87953):2.08.83) :25.46154);
MyTree$root.edge <- 0 # Root the tree
MyTree=root(MyTree,"monkey",resolve.root = TRUE)
utree <- chronos(MyTree, lambda = 0, model = "correlated") # Convert to ultrametric
dend=as.dendrogram(utree) # Make dendogram
plot(dend)
# Load data of scores
scores <- read.csv("Scores_species.csv", header = TRUE, sep ="\t")
Species Score
1 raccoon 97
2 bear 78
3 sea_lion 46
4 seal 14
5 monkey 57
6 cat 89
7 weasel 88
8 dog 97
dend2 <- color_labels(dend, k=8, groupLabels = scores ) # Add colors to labels
（ここでは、スコアに応じて色のグラデーションが必要です） このプロットは他のツールで生成されましたが、Rのグラデーションカラーツールで生成すると予想されるものです
