こんにちは、行のすべてのペア間の距離を含む行列を返すコードを (python 2 を使用して) 記述しようとしています。以下は私が書いた実装です。期待どおりに動作しますが、行数が大きくなると非常に遅くなる可能性があります。したがって、多数の行に対してコードをより効率的にする方法について誰か提案があるかどうか疑問に思っていました。
前もって感謝します
def gendist(x,alpha=2):
(n,p) = x.shape
len = 0
for ii in range(1,n):
len = len + ii
d = np.empty((len,p))
ind = 0
for ii in range(0,n):
for jj in range(1,n):
if ii < jj:
d[ind,] = (x[ii,]-x[jj,])**alpha
ind = ind + 1
return d
scipy がないと (たとえば、Abaqus をインストールすると、scipy がなくても numpy を取得できます)、少し難しくなります。
def gendist(x,alpha=2):
xCopies=x.repeat(x.shape[0],axis=0).reshape(np.conatenate(([a.shape[0]],a.shape))
#n x n x p matrix filled with copies of x
xVecs=xCopies-xCopies.swapaxes(0,1) #matrix of distance vectors
xDists=np.sum(xVecs**alpha,axis=-1)**(1/alpha) #n x n matrix of distances
Return xDists
それは堅牢でなければなりません、少なくともそれは私が使用しなければならなかったものです。
を使用X.shapeしているようですが、私にとっては、使用していると想定することがわかりますNumPy
コード：
#!/usr/bin/env python3
import numpy as np
import scipy.spatial.distance as dist
a = np.random.randint(0, 10, (5, 3))
b = dist.pdist(a)
print('Matrix:')
print(a)
print('Pdist')
for d in b:
print(d)
出力：
Matrix:
[[4 7 6]
[8 2 8]
[8 3 5]
[2 4 7]
[0 7 5]]
Pdist
6.7082039325
5.74456264654
3.74165738677
4.12310562562
3.16227766017
6.40312423743
9.89949493661
6.40312423743
8.94427191
4.12310562562
ここで、組み合わせの順序は (0,1)、(0,2)、(0,3)、(0,4)、(1,2)、(1,3)、(1,4)、(2 ,3), (2,4), ...
デフォルトのメトリックはユークリッド距離です。pdist他のメトリックを適用するには、を参照してください。