私はしばらくの間、非常に強力なサーバーで ete2 モジュールを使用してきました。非常にゆっくりと (1 分間に 1 つの関数) 進み始めるまではすべて問題ありませんでしたが、今では割り当てget_taxid_translator()
を通過することさえできません。ncbi = NCBITaxa()
anaconda2 をアンインストールして再インストールし、ete3 に更新しようとしました。「開発サーバー」ではncbi = NCBITaxa()
すべて正常に動作しますが、通常のサーバーではどのソフトウェアでも一線を越えられません。次のスクリプトでも終了しません
#!/usr/bin/env python
from ete3 import NCBITaxa
ncbi = NCBITaxa()
print "Finished"
これは他の誰かに起こりましたか?依存関係をダウングレードする必要がありますか? 権限の問題でしょうか?基本的なスクリプトを実行すると、ctrl+c も ctrl+z もスクリプトをエスケープせず、スクリプトを強制終了するために使用する必要がkill -9 <job-id>
あります。待機時間が長すぎると、プロセスが中断できないスリープ状態になります。
前もってありがとう、アレクシス。
Python 2.7.12 :: Anaconda カスタム (64 ビット) gcc (GCC) 5.4.0