私は、同じ患者の転移と主な腫瘍の両方で、何千もの遺伝子の mRNA 発現データを見ています。複数の転移があるものから、すべての転移が個別のデータを取得します。表は次のようになります。
Subjects Type GeneA GeneB GeneC
A Met 1 2 5
A Main 3 6 43
B Met 5 1 3
B Met 1 44 2
B Main 3 4 3
各患者と遺伝子のペアワイズ t 検定を実行して、すべての患者の転移と腫瘍の間でどの遺伝子が一貫して異なるかを確認したいと考えています (つまり、患者 A、B、C などの GeneA Met/Main を比較し、すべての遺伝子についてなど)。次に、p 値を調整して 5% の誤検出率を維持します。次のように、すべての被験者をプールする対応のない t 検定を実行することができましたが、対応のある t 検定の実行方法について頭を悩ませることはできません。どんな助けでも大歓迎です。
library(multtest)
teststat<-mt.teststat(t(mydata[,3:N]),mydata[,2])#N is the last column
rawp = 2 * (1 - pnorm(abs(teststat)))
procedures = c("BH")
adjusted = mt.rawp2adjp(rawp, procedures)