snakemake - 「snakemake --config」を使用してコマンドにフラグを渡す

Question

Snakemake チュートリアルを読みましたが、「snakemake --config ...」を使用してパラメーターを変更する方法は明らかであり、これらは実行中のコマンドに渡されます。「--config」を使用してコマンドにフラグを渡すことはできますか? たとえば、「--config」の使用に基づいて、これらのコマンドのいずれかを実行する Snakefile を作成できますか?

muscle -in unaligned.fa -out aligned.fa

muscle -in unaligned.fa -out aligned.fa -msf

Answer 1

はい、Snakemake のシェル コマンド定義内から、config に直接アクセスできます。

rule a:
    input: ...
    output: ...
    shell:
        "muscle -in {input} -out {output} {config[muscle-params]}"

snakemake --config muscle-params="-msf" たとえば、構成ファイルで定義されたキーを呼び出すか、(さらに良い) キーを持っているとします。