アプリケーションがトランザクション分離レベルなどの接続全体のオプションを変更しない限り (通常はそうではありません)、SQLA の接続プールを使用する場合、接続の残留状態について心配する必要はありません。SQLA の接続プールは、チェックイン時に接続に対して connection.rollback() を発行し、トランザクション状態またはロックがクリアされるようにします。
特に同じマシンで UNIX ソケット経由で接続している場合は、MySQL の接続時間がかなり速い可能性があります。接続プールを使用する場合は、MySQL のクライアント ライブラリが 8 時間以上アイドル状態の接続を自動的にシャットダウンするため、一定期間後に接続がリサイクルされるようにする必要もあります (SQLAlchemy では、これは pool_recycle オプションです)。
プールの実装をデフォルトの QueuePool から実際には何もプールしないプールの実装である NullPool に変更することで、SQLA アプリケーションを使用する場合とそうでない場合の接続プールのベンチングをすばやく行うことができます。プロキシ接続が取得され、後で閉じられます。