0

私はこのようなデータフレームを持っています

> head(data)
               LH3003     LH3004     LH3005     LH3006     LH3007     LH3008     LH3009     LH3010     LH3011
cg18478105 0.02329879 0.08103364 0.01611778 0.01691191 0.01886975 0.01885553 0.01647439 0.02120779 0.01168622
cg14361672 0.09479536 0.07821380 0.02522833 0.06467310 0.05387729 0.05866673 0.08121820 0.10920162 0.04413263
cg01763666 0.03625680 0.04633759 0.04401555 0.08371531 0.09866403 0.17611284 0.07306743 0.12422579 0.11125146
cg02115394 0.10014794 0.09274320 0.08743445 0.08906313 0.09934032 0.18164115 0.06526380 0.08158144 0.08862067
cg13417420 0.01811630 0.02221060 0.01314041 0.01964530 0.02367295 0.01209913 0.01612864 0.01306061 0.04421938
cg26724186 0.32776266 0.31386294 0.24167480 0.29036142 0.24751268 0.26894756 0.20927278 0.28070790 0.33188921
               LH3012     LH3013     LH3014
cg18478105 0.02466508 0.01909706 0.02054417
cg14361672 0.09172160 0.06170230 0.07752691
cg01763666 0.04328518 0.13693868 0.04288165
cg02115394 0.08682942 0.08601880 0.12413149
cg13417420 0.01980470 0.02241745 0.02038114
cg26724186 0.30832389 0.27644816 0.37630038

ほぼ 850000 行、およびサンプル名の背後にある情報を含む別のデータフレーム:

> variables
   Sample_ID     Name Group01
3     LH3003     pair1       0
4     LH3004     pair1       1
5     LH3005   pair2       0
6     LH3006   pair2       1
7     LH3007    pair3       0
8     LH3008    pair3       1
9     LH3009 pair4       0
10    LH3010 pair4       1
11    LH3011 pair5       0
12    LH3012 pair5       1
13    LH3013  pair6       0
14    LH3014  pair6       1

別のデータフレームに基づいてサンプルのペアとグループ注釈を定義することにより、対応のある t 検定を行うことは可能ですか?

ご協力ありがとうございました！

4

3 に答える 3

0

@Imo のバリエーションを次に示します。

lapply(unique(df2$Name), function(x){
  samples <- df2[df2$Name==x,1]
  t.test(df1[,samples[1]], df1[,samples[2]], paired=T)
})
于 2016-11-15T15:16:16.083 に答える