r - fasta ファイルからゲノム座標を取得する方法

Question

参照ゲノムが更新されたので、この最後のリリースで新しい座標を見つけるために、古い配列 (bed ファイルから) から fasta を取得する必要がありました。

それで、「my.fasta」という名前の私のfastaファイルから（35のシーケンスで）

これに従って「DNAStringSet」オブジェクトを作成しました。

 library ("GenomicRanges")
 setwd("/pwd")
 pwd  <- "my.fasta" #INPUT FILES- BedFiles, FASTA, etc.
 path <- system.file("pwd", package = "rGADEM")
 FastaFile <- paste(pwd, path, sep = "")
 Sequences <- readDNAStringSet(FastaFile, "fasta")
 Sequences

 A DNAStringSet instance of length 35
     width seq                                              names
 [1]   300 TTCAGATTGGAGATGGTGAATGA...AACCCTCTGCATAGAATCATAG
 [2]   300 GTCTCCCTTCGTGGAGGGGTCAC...TTAACTGAAGATGTTTCCCCGT

最後に、rGADEM を使用して fasta から座標を抽出しようとしました。

library("rGADEM")
gadem <- GADEM(Sequences, verbose = 1, genome = Ggallus)

startPos(gadem)
Error in x@motifList[[i]] : subscript out of bounds
endPos(gadem)
Error in x@motifList[[i]] : subscript out of bounds

つぼみは機能しませんでした。fasta ファイルから座標を抽出するにはどうすればよいですか? IRange、ベッド、またはそのようなものが必要です。ありがとうございました。