python - Pymol - 回転するペプチド間の衝突の検出

Question

Pymol で開いた tripeptid(leu-lys-trp) と、中央のペプチド - lys を中心にペプチド leu と trp を回転させるスクリプトがあります。

from pymol import stored
from time import sleep

#select leu AA
cmd.select("LEU-sel","/leu///LEU")
#select trp AA
cmd.select("TRP","/leu///TRP")
#create selection of atom which i need to rotate around
cmd.select("TRPlys", "/leu///LYS`3/C")
xyz = cmd.get_model("TRPlys", 1).get_coord_list()

trp_con = []
cmd.iterate_state(1, "TRPlys","trp_con.append((x,y,z))")

print trp_con
i = 0
for i in range(0,100):
    cmd.rotate(xyz[0], 1, "TRP",0,1, None, trp_con[0])
    cmd.refresh()
    sleep(0.1)

これらのペプチドの原子間で衝突が発生した場合は、回転を停止する必要があります。

衝突検出を容易にするツールが pymol にありますか?