私たちのラボから送られてくる浅いショットガン メタゲノミクス サンプルに対して簡単な QC と分析を行うための Snakemake パイプラインをセットアップしました。
少量のデータを含むサンプルが入力として配信されると、パイプラインのツールの一部が失敗またはエラーになりますが、これは、中間のフィルタリング手順 (アダプターのトリミングやホストゲノムの削除など) として、生の入力データからは認識できない場合があります。さまざまな数の読み取りを削除できます。
理想的には、入力ファイルの読み取り数を評価し、ワークフロー グラフのその部分を続行するかどうかを選択できる、特定の入力ルールのある種のチェックでこれらのケースを処理できるようにしたいと考えています。誰かがこのようなものをうまく実装しましたか?
どうもありがとう、ジョン