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hclustを使用して R で作成されたデンドログラムを手動でカットしていidentify.hclustます。関数のデフォルトの戻り値は、各グループの観測の ID です。この情報が必要ですが、このグループの身長も知る必要があります。それを行う方法はありますか？どうもありがとう！

再現可能なデータ:

set.seed(1)
dat = rnorm(100,0,1)
hca = hclust(dist(dat))
plot(hca, hang=-1, sub="", xlab="", labels=F)
heightsAndIDs = identify(hca) #Gives only IDs

例として、次の高さでデンドログラムをカットしidentify、ブランチのマージの高さを取得したいと考えています。

segments(3,2,8, col="red")
segments(15,1,18, col="green")
segments(20,1,24,col="blue")
segments(38,1.5,45,col="purple")
segments(75, 1.5, 82,col="cyan")
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heights_per_k.dendrogram2 つの関数とget_branches_heightsR パッケージdendextendから答えを得ることができると思います。

以下に小さな例を示します。

set.seed(1)
dat = rnorm(100,0,1)
hca = hclust(dist(dat))

library(dendextend)

例えば：

> sort(heights_per_k.dendrogram(dend))[1:7]
          100            99            98 
0.00002485728 0.00010400211 0.00020365009 
           97            96            95 
0.00118445439 0.00180321776 0.00215161572 
           94 
0.00230368982 
> sort(heights_per_k.dendrogram(dend), T)[1:7]
        1         2         3         4         5 
4.6163377 4.6162976 3.1585161 1.8779138 1.3384979 
        6         7 
1.1705453 0.9620798

これは、答えを得るためのツールを提供しますか?

于 2016-12-22T20:15:31.580 に答える