これは私の最初の投稿です。ばかげているように聞こえたり、探している答えが既に存在する場合はご容赦ください。
私の主な問題は次のとおりです。4 つの列 (文字列、2 つのデータ列、および文字列の各レベルの距離行列を含む列) を含むティブルを作成し、を使用する関数を作成しようとしています。従属変数として 4 列目からの距離行列と、2 列目からのいくつかの独立変数。問題は、従属変数が見つからないことを R が警告し続けることです。
私が使用したパッケージは次のとおりです。
library(easypackages)
libraries('tidyverse', 'broom')
私の IV を含む tibble は次のようになります。
IVs_tibble
# A tibble: 175 × 8
Site Region IV.1 IV.2 IV.3 IV.4 IV.5 IV.6
<chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 Site.1 A 387 169 460 234 137 445
2 Site.2 A 197 172 449 192 141 422
3 Site.3 A 86 179 432 78 147 398
4 Site.4 A 14 183 404 4 152 375
5 Site.5 B 86 179 407 80 148 382
6 Site.6 B 18 175 422 154 146 397
7 Site.7 C 132 172 429 211 142 413
8 Site.8 C 99 178 404 120 147 385
9 Site.9 D 73 177 409 150 146 382
10 Site.10 D 77 175 417 182 145 383
# ... with 165 more rows
私はそれを入れ子にします：
by_region <- IVs_tibble %>% group_by(Region) %>% nest()
そして、これがどのように見えるかです：
by_region
# A tibble: 6 × 2
Region data
<chr> <list>
1 A <tibble [60]>
2 B <tibble [84]>
3 C <tibble [10]>
4 D <tibble [6]>
5 E <tibble [13]>
6 F <tibble [2]>
続いて、生の有無データを含む別のティブルを作成します。
regions
# A tibble: 175 × 984
Region Site Taxon.1 Taxon.2 Taxon.3
<chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl>
1 A Site.1 1 1 0
2 A Site.1 0 1 0
3 B Site.1 1 1 1
4 B Site.1 0 0 0
5 C Site.1 1 0 1
6 C Site.1 0 0 1
7 D Site.1 1 0 0
8 D Site.1 1 1 0
9 D Site.1 0 0 0
10 F Site.10 0 1 0
# ... with 165 more rows, and 982 more variables: (these contain taxa names)
次に、そのティブルもネストします。
rg <- regions %>% group_by(Region) %>% nest()
そして、それは次のようになります：
rg
# A tibble: 6 × 2
Region IVs
<chr> <list>
1 A <tibble [60]>
2 B <tibble [84]>
3 C <tibble [10]>
4 D <tibble [6]>
5 E <tibble [13]>
6 F <tibble [2]>
IV を含む Tibble と結合するために、データ列の名前を変更します。
rr <- rg %>% rename(Communities = data)
rr
# A tibble: 6 × 2
Region Communities
<chr> <list>
1 A <tibble [60]>
2 B <tibble [84]>
3 C <tibble [10]>
4 D <tibble [6]>
5 E <tibble [13]>
6 F <tibble [2]>
次のステップとして、行列を計算する関数を作成します。
betamatrices <-function(df){vegan::betadiver(df, method='sim')}
rr <- rr %>% mutate(model = map(data,betamatrices))
rr ティブルは次のようになります。
rr
# A tibble: 6 × 3
Region Communities Dist.matrix
<chr> <list> <list>
1 A <tibble [60]> <S3: dist>
2 B <tibble [84]> <S3: dist>
3 C <tibble [10]> <S3: dist>
4 D <tibble [6]> <S3: dist>
5 E <tibble [13]> <S3: dist>
6 F <tibble [2]> <S3: dist>
そして、2 つの tibble を結合します。
my_tibble <- by_region %>% left_join(rr)
ティブルは次のようになります。
my_tibble
# A tibble: 6 × 4
Region IVs Communities Dist.matrix
<chr> <list> <list> <list>
1 A <tibble [60]> <tibble [60]> <S3: dist>
2 B <tibble [84]> <tibble [84]> <S3: dist>
3 C <tibble [10]> <tibble [10]> <S3: dist>
4 D <tibble [6]> <tibble [6]> <S3: dist>
5 E <tibble [13]> <tibble [13]> <S3: dist>
6 F <tibble [2]> <tibble [2]> <S3: dist>
そして、適用したい関数は次のようになります。
mrm_model <- function(df){ecodist::MRM(Dist.matrix~dist(IV.1) + dist(IV.2),data = (df))}
次のコードで計算しようとすると：
my_tibble <- my_tibble %>% mutate(mrm = map(IVs,mrm_model))、
次のエラー メッセージが表示されます。
Error in mutate_impl(.data, dots) : object 'Dist.matrix' not found.
なぜこれがポップアップし続けるのか分かりますか？
$ 記号を使用して関数を「修正」しようとすると、次のようになります。
mrm_model <- function(df){ecodist::MRM(my_tibble$Dist.matrix~dist(Area),data = (df))}、
次の警告が表示されます。
Error in mutate_impl(.data, dots) :
invalid type (list) for variable 'my_tibble$Dist.matrix'.
私はこの種のデータ操作のまったくの初心者なので、明らかに頭がいっぱいです。得られるすべての助けに大いに感謝します。