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CUDA での行列計算にはどのライブラリを使用していますか? それともありますか?これはみんな自分で書いているようです。
通常のプロセッサでは、Eigenを使用します。GPUはどうですか?
密行列演算の場合、CUBLAS (CUDA Toolkit で提供)、Magma、およびCULAtoolsを検討できます。
疎行列演算については、 CUSPARSE (CUDA ツールキットで提供) とCUSPを検討してください。
あなたが扱っている問題は何ですか? 疎行列計算の場合、 CUSPは非常に優れたライブラリです。 高密度の問題には、 Magmaの方が適している場合があります。