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Web サイトのコードを使用して、Bioconductor を R にインストールしようとしています。コードを入力すると (以下を参照)、一部のパッケージを更新できない、インストール パスが書き込み不可であるというエラー メッセージが表示されます。

> ## try http:// if https:// URLs are not supported
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), ?biocLite for help
> biocLite()
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31).
installation path not writeable, unable to update packages: Matrix, mgcv,

サバイバル

packages/install packages に移動して、これらのパッケージをインストールできます。

> utils:::menuInstallPkgs()
trying URL    'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/Matrix_1.2-8.zip'
Content type 'application/zip' length 2775038 bytes (2.6 MB)
downloaded 2.6 MB

trying URL 'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/mgcv_1.8-  16.zip'
Content type 'application/zip' length 2346257 bytes (2.2 MB)
downloaded 2.2 MB

trying URL     'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/survival_2.40-1.zip'
Content type 'application/zip' length 5109948 bytes (4.9 MB)
downloaded 4.9 MB

package ‘Matrix’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘mgcv’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘survival’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\stxeb8\AppData\Local\Temp\Rtmp2tQZ4v\downloaded_packages

次に、packages/load packages に移動し、それらを正常にロードして検索し、パッケージがそこにあることを確認できます。

> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available =   TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
Loading required package: nlme
This is mgcv 1.8-16. For overview type 'help("mgcv-package")'.
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available =     TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
> search()
[1] ".GlobalEnv"            "package:survival"      "package:mgcv"         
[4] "package:nlme"          "package:Matrix"        "package:BiocInstaller"
[7] "package:stats"         "package:graphics"      "package:grDevices"    
[10] "package:utils"         "package:datasets"      "package:methods"      
[13] "Autoloads"             "package:base"

しかし、バイオコンダクタをインストールしようとすると、Matrix、mgcv、および Survival を更新できないという同じエラー メッセージが表示されます。

> ## try http:// if https:// URLs are not supported
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), ?biocLite for help
> biocLite()
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31).
installation path not writeable, unable to update packages: Matrix, mgcv,
  survival

これらのパッケージを更新して bioconductor をインストールできるようにするにはどうすればよいですか?

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9 に答える 9

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R 3.6.1 のバージョンでは、スクリプトhttp://bioconductor.org/biocLite.Rが次のメッセージを返すため、「エラー: R バージョン 3.5 以降では、BiocManager を使用して Bioconductor パッケージをインストールします。https: //bioconductor.org/ を参照してください。インストール" 次の手順で問題を解決しました。

  1. R がライブラリをインストールするために使用するディレクトリのリストを取得し、次を使用して書き込み権限を持つディレクトリを選択します。.libPaths()
  2. 以下を使用して「BiocManager」ライブラリをインストールします。install.packages("BiocManager")
  3. 以下を使用して、ディレクトリに書き込み権限を強制することにより、ライブラリ「bioconductor」をインストールします。BiocManager::install("Rgraphviz", lib = "C:/Users/tizbet/Documents/R/win-library/3.6")

私は次のRインストールに取り組みました：

platform x86_64-w64-mingw32、arch x86_64、os mingw32、system x86_64, mingw32、version.string R version 3.6.1 (2019-07-05)

Kasper Thystrup Karstensenの回答に触発されました

于 2019-08-22T13:51:02.657 に答える