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単一細胞 RNA-Seq 解析用に「Seurat」という R パッケージを使用しています。個々の細胞サンプルに関するメタデータ情報を Seurat オブジェクトに追加しようとしています。しかし、下流のプロット コマンドが機能しません。変更された Seurat オブジェクトをチェックして、メタデータが正しいスロットと列に追加されたことを確認する方法を誰かが知っているかどうか疑問に思っています。

メタデータを追加するには、次のコマンドを使用しました。

まず、Seurat オブジェクトからセル名を抽出しました

> Cells <- WhichCells(seurat_object)

次に、1 ～ 3 の番号を使用して、形態学的に決定された細胞タイプのリストを作成しました。注: リストはかなり長くなりますが、ここでは最初の 3 と省略されています。

> MorphCellTypes = c(1,2,3)

次に、セルと MorphCellTypes を data.frame としてマージしました。

> MorphCellTypesDF = data.frame(Cells, MorphCellTypes)

次に、正常に実行された次のコマンドを使用して、この MorphCellTypesDF メタデータを seurat オブジェクトに追加しようとしました

> AddMetaData(Sleuth_object, MorphCellTypesDF, col.name = MorphCellTypes

次に、次のコマンドを使用してTSNEPlotで視覚化しようとしました

> TSNEPlot(pbmc, do.label = TRUE, pt.size = 3, group.by = MorphCellTypes

これにより、次のエラーが返されました。

“Error in DimPlot(object, reduction.use = "tsne", cells.use = cells.use,  :
  object 'MorphCellTypes' not found”

だから私はメタデータを私のseuratオブジェクトの間違った場所に追加しているか、どういうわけかcol.nameを台無しにしていると思います. どちらにしても、AddMetaData または TSNEPlot() 関数を間違って使用しているようです。万が一エラーを見つけた場合、または AddMetaData の使用方法の例を教えていただければ幸いです。

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多くの試行錯誤の末、実験的なメタデータの列を正常に追加する方法を見つけました。秘訣は、データを追加する間、Seurat オブジェクトから正しいフォーマットを維持することでした。これを行うには、pbmc@data.info テーブルをコピーし、列を追加して変更しました。次に、変更したテーブルを Seurat にインポートします。次のコードは、Gene_ID と呼ばれる乱数の列を pbmc@data.info スロットの Seurat オブジェクトに追加します。次に、視覚化を使用してこのデータの追加をテストします。

CellsMeta = pbmc@data.info
head(CellsMeta)

randomnumbers <- runif(2700, 0.0, 1.1)

CellsMeta["Gene_IDs"] <- randomnumbers
head(CellsMeta)

CellsMetaTrim <- subset(CellsMeta, select = c("Gene_IDs"))
head(CellsMetaTrim)

pbmc <- AddMetaData(pbmc, CellsMetaTrim)

head(pbmc@data.info)

VlnPlot(pbmc, c("nGene", "nUMI", "Gene_IDs"), nCol = 3)
于 2017-02-17T18:13:35.377 に答える