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2 つのデータ フレームがあります。


src_tbl <- structure(list(Sample_name = c("S1", "S2", "S1", "S2", "S1", 
"S2"), crt = c(0.079, 0.082, 0.079, 0.082, 0.079, 0.082), sr = c(0.592, 
0.549, 0.592, 0.549, 0.592, 0.549), condition = c("x1", "x1", 
"x2", "x2", "x3", "x3"), score = c("0.077", "0.075", "0.483", 
"0.268", "0.555", "0.120")), row.names = c(NA, -6L), .Names = c("Sample_name", 
"crt", "sr", "condition", "score"), class = c("tbl_df", 
"tbl", "data.frame"))
src_tbl
#>   Sample_name   crt    sr condition score
#> 1          S1 0.079 0.592        x1 0.077
#> 2          S2 0.082 0.549        x1 0.075
#> 3          S1 0.079 0.592        x2 0.483
#> 4          S2 0.082 0.549        x2 0.268
#> 5          S1 0.079 0.592        x3 0.555
#> 6          S2 0.082 0.549        x3 0.120

ref_tbl <- structure(list(Sample_name = c("P1", "P2", "P3", "P1", "P2", 
"P3", "P1", "P2", "P3"), crt = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1), 
    sr = c(2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2), condition = c("r1", "r1", 
    "r1", "r2", "r2", "r2", "r3", "r3", "r3"), score = c("0.200", 
    "0.201", "0.199", "0.200", "0.202", "0.200", "0.200", "0.204", 
    "0.197")), row.names = c(NA, -9L), .Names = c("Sample_name", 
"crt", "sr", "condition", "score"), class = c("tbl_df", 
"tbl", "data.frame"))
ref_tbl
#>   Sample_name crt sr condition score
#> 1          P1   1  2        r1 0.200
#> 2          P2   1  2        r1 0.201
#> 3          P3   1  2        r1 0.199
#> 4          P1   1  2        r2 0.200
#> 5          P2   1  2        r2 0.202
#> 6          P3   1  2        r2 0.200
#> 7          P1   1  2        r3 0.200
#> 8          P2   1  2        r3 0.204
#> 9          P3   1  2        r3 0.197

私がやりたいことは、両方のデータ フレームでグループ化された列に対して操作 ( ks.test())を実行することです。たとえば、S1 と P1 の KS 検定の p 値は次のとおりです。scoreSample_name


# in src_tbl
s1 <- c(0.077,0.483,0.555)
#in ref_tbl
p1 <- c(0.200,0.200,0.200)
testout <- ks.test(s1,p1)
#> Warning in ks.test(s1, p1): cannot compute exact p-value with ties
broom::tidy(testout)
#>   statistic   p.value                             method alternative
#> 1 0.6666667 0.5175508 Two-sample Kolmogorov-Smirnov test   two-sided

私がやりたいことは、すべての操作に対してすべてを実行して、最終的にこのようなテーブルを取得することです

src  ref   p.value
S1   P1    0.5175508
S1   P2    0.6
S1   P3    0.6
S2   P1    0.5175508
S2   P2    0.6
S2   P3    0.6

どうやってやるの？のサンプル数ref_tableが大きくなる可能性があるため (P1、P2 .... P10k)、高速であることが望ましいです。

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