時間がかかりすぎる大きなループがあります (~100 日)。Snow ライブラリで高速化したいと思っていますが、apply ステートメントは苦手です。これはループの一部にすぎませんが、この部分を理解できれば、残りは簡単です。たくさんの適用ステートメントまたはループで問題ありませんが、関数を使用してオブジェクト 'p' を取得する 1 つの適用ステートメントが理想的です。
元データ
dim(m1) == x x # x >>> 0
dim(m2) == y x # y >>> 0, y > x, y > x-10
dim(mout) == x x
thresh == x-10 #specific to my data, actual number probably unimportant
len(v1) == y #each element is a random integer, min==1, max==thresh
len(v2) == y #each element is a random integer, min==1, max==thresh
オリジナルループ
p <- rep(NA,y)
for (k in 1:y){
mout <- m1 * matrix(m2[k,],x,x)
mout <- mout/sum(mout)
if (v1[k] < thresh + 1){
if(v2[k] < thresh + 1){
p[k] <- out[v1[k],v2[k]]
}
if(v2[k] > thresh){
p[k] <- sum(mout[v1[k],(thresh+1):x])
}
}
#do stuff with object 'p'
}