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r - スノーを介して並列コード内でRcppを使用してクラスターを作成する
関数を記述し、Rcpp
でコンパイルしましたinline
。今、私はそれを異なるコアで並行して実行したいのですが、奇妙なエラーが発生します。これは最小限の例です。この例では、関数をコンパイルして単独で正常に実行できますが、の関数から呼び出すfunCPP1
ことはできません。この関数は単一のプロセスとして適切に実行されますが、並行して実行すると次のエラーが発生します。snow
clusterCall
そしてここにいくつかのコードがあります:
r - RSnowは作成されたすべてのクラスターを表示します
私はsnow
クラスターを使用するいくつかのことをしています。RScript
現在、アクティブなクラスターの数を確認する唯一の方法は、タスクマネージャー->リソースマネージャー->名前で並べ替えてオブジェクトを探すことです。Rでこれを行う方法はありますか?
また、これを尋ねる理由は、以前に作成したクラスターを削除できるようにするためです。RScript
Rで実行した後も、オブジェクトがまだ残っているのを目にすることがありますstopCluster()
。何か提案をいただければ幸いです。
注:これまでに行ったクラスターはすべてlocalhost/SOCK
、ラップトップで2番目のコアを使用するクラスターです。
r - 「接続を開くことができません」 - R の HPC with snow
Snow を使用して R で並列ジョブを実行しようとしています。古いバージョンの R と Snow で、非常によく似たジョブを問題なく実行できました。R パッケージの依存関係により、元に戻すことができません。
何が起こるか:私のジョブはparRapply
ステップで終了します。つまり、ノードが最初にレポート以外のことをしなければなりませんSys.info()
。エラーメッセージは次のとおりです。
仕様: R 2.14.0、snow 0.3-8、RedHat Enterprise Linux Client リリース 5.6。Snow パッケージは、正しいバージョンの R でビルドされています。
詳細: 次のコードは正常に実行されるようです。
私はエンド ユーザーであり、システム管理者ではありませんが、何がうまくいかないのかについての提案や洞察を切望しています。
r - PSOCK クラスターを foreach に登録する - R 2.14
PSOCK クラスター (パッケージ Parallel を使用して作成) を に登録するにはどうすればよいforeach
ですか? 私は現在、 SOCKクラスターを登録するためにパッケージで使用registerDoSNOW
しています。doSNOW
snow
r - foreach / SNOW / doSNOW RTermを使用した詳細な出力(RGuiは使用しない)
何か不思議なことが起こった。RGuiまたはRStudioの代わりにRterm(R.exeで起動)を使用して、foreach / snow/doSnowを使用して並列タスクを実行しました。コマンドウィンドウで、子タスクの出力を確認できます。これはRGuiでもRStudioでも機能しませんでした(デバッグが面倒になりました)。私はただ興味があります-なぜですか?文字通り、RTermで初めて実行する以外は、私のコードについて何も変更されていません。私がここで見逃している技術的なナゲットがあると確信しています。
r - リソース コード ファイルへの R snow clusterCall
snow
一部の機能を再評価するには、クラスターで source を呼び出す必要があります。I'm usingへの呼び出しがclusterCall()
機能しません:
r - マルチコアと Snow Cluster の組み合わせ
Parallel R の初心者です。簡単な質問です。私は計算集約的なアルゴリズムを持っています。multicore
幸いなことに、またはを使用するために簡単に分割できますsnow
。私が知りたいのは、実際にmulticore
と組み合わせて使用しても問題ないと考えられるsnow
かどうかです。
私がやりたいことは、負荷を分割して、クラスター内の複数のマシンと各マシンで実行することです。マシン上のすべてのコアを利用したいと考えています。この種の処理では、雪を混ぜるのは合理的multicore
ですか?
r - bigmatrix を Snow クラスターにエクスポートすると R がクラッシュする
Rのスノークラスターにbigmatrixをエクスポートすることに成功した人はいますか? bigmatrix と attach.resource の例のコメント行は、そうすることが可能だと言っていますが、私は成功していません。
ファイルでバックアップされた大きなマトリックスを使用してもクラッシュします(共有メモリさえ使用しないため、これは奇妙です)。