複数の数式を文字列として動的に作成し、それらを で数式にキャストする関数がありますas.formula
。doSNOW
次に、 とを使用して並列プロセスでその関数を呼び出し、 でforeach
これらの式を使用しdplyr::mutate_
ます。
使用すると、ローカルで実行すると正常に動作しますが、並列で実行するとlapply(formula_list, as.formula)
エラーが発生します。could not find function *custom_function*
ただし、使用するlapply(formula_list, function(x) as.formula(x)
と、並行してローカルで動作します。
なんで?ここで環境を理解する正しい方法と、それをコーディングする「正しい」方法は何ですか?
次のような警告が表示されます。In e$fun(obj, substitute(ex), parent.frame(), e$data) : already exporting variable(s): *custom_func*
最小限の再現可能な例を以下に示します。
# Packages
library(dplyr)
library(doParallel)
library(doSNOW)
library(foreach)
# A simple custom function
custom_sum <- function(x){
sum(x)
}
# Functions that call create formulas and use them with nse dplyr:
dplyr_mut_lapply_reg <- function(df){
my_dots <- setNames(
object = lapply(list("~custom_sum(Sepal.Length)"), as.formula),
nm = c("Sums")
)
return(
df %>%
group_by(Species) %>%
mutate_(.dots = my_dots)
)
}
dplyr_mut_lapply_lambda <- function(df){
my_dots <- setNames(
object = lapply(list("~custom_sum(Sepal.Length)"), function(x) as.formula(x)),
nm = c("Sums")
)
return(
df %>%
group_by(Species) %>%
mutate_(.dots = my_dots)
)
}
#1. CALLING BOTH LOCALLY
dplyr_mut_lapply_lambda(iris) #works
dplyr_mut_lapply_reg(iris) #works
#2. CALLING IN PARALLEL
#Faux Parallel Setup
cl <- makeCluster(1, outfile="")
registerDoSNOW(cl)
# Call Lambda Version WORKS
foreach(j = 1,
.packages = c("dplyr", "tidyr"),
.export = lsf.str()
) %dopar% {
dplyr_mut_lapply_lambda(iris)
}
# Call Regular Version FAILS
foreach(j = 1,
.packages = c("dplyr", "tidyr"),
.export = lsf.str()
) %dopar% {
dplyr_mut_lapply_reg(iris)
}
# Close Cluster
stopCluster(cl)
編集: 元の投稿のタイトルで、nse を使用していると書きましたが、本当は標準評価を使用するつもりでした。おっと。それに応じてこれを変更しました。