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空手クラブ データの例を使用する代わりに、ネットワーク グラフと靴べらを自分で実行するために、ここにあるサンプル コードiGraphplotlyを使用しようとしています。data.framesグラフをプロットすると、エッジ リストが無視され、多数のランダムな接続が作成されているように見えます。ラベルまたはエッジのいずれかが間違っていると思いますが、わかりません。

library(igraph)
library(plotly)

setwd('C:/Users/Andrew Riffle/Documents/MEGAsync/code/R/link_analysis')

ID <- c(1:50)
nodes <- data.frame(ID)

Source <- c(23, 24, 36, 20, 36, 41, 12, 8, 18, 28)
Target <- c(5, 7, 9, 35, 23, 12, 38, 29, 33, 45)
links <- data.frame(Source, Target)

net <- graph_from_data_frame(d=links, vertices=nodes, directed=FALSE)

net <- simplify(net, remove.multiple = F, remove.loops = T)

tkplot(net, vertex.label=nodes$id, vertex.label.color='white', layout=layout.fruchterman.reingold)

#####Begin plotly example code unmodified unless commented#####

G <- upgrade_graph(net) #put my iGraph object instead of the karate club one
L <- layout.circle(G)

vs <- V(G)
es <- as.data.frame(get.edgelist(G))

Nv <- length(vs)
Ne <- length(es[1]$V1)

Xn <- L[,1]
Yn <- L[,2]

network <- plot_ly(x = ~Xn, y = ~Yn, mode = "markers", text = vs$name, hoverinfo = "text")

edge_shapes <- list()
for(i in 1:Ne) {
  v0 <- es[i,]$V1
  v1 <- es[i,]$V2

  edge_shape = list(
    type = "line",
    line = list(color = "#030303", width = 0.3),
    x0 = Xn[v0],
    y0 = Yn[v0],
    x1 = Xn[v1],
    y1 = Yn[v1]
  )

  edge_shapes[[i]] <- edge_shape
}

axis <- list(title = "", showgrid = FALSE, showticklabels = FALSE, zeroline = FALSE)

p <- layout(
  network,
  title = 'Test Network', #Changed the title
  shapes = edge_shapes,
  xaxis = axis,
  yaxis = axis
)

p #added a call to display p instead of upload to plot.ly

これを実行すると、によってプロットされた美しい iGraph がPlotly得られます。ただし、エッジは正しくありません。ID の 1 ～ 10 のみが接続されており、他の ID は 10 未満にのみ接続されているようです。これらの接続はいずれも、以下のエッジ リストにはありません。

   Source Target
1      24     35
2      12     23
3      41     12
4      23      7
5      18      5
6      20      9
7      28     29
8      36     45
9       8     33
10     36     38

誰かが私が間違っていることを見ていますか? 助けていただければ幸いです。

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