この質問に基づいて、円弧が別の円弧と重なっているときに自動的に湾曲し、プロットにpos属性を設定しようとしています。RGraphviz
誰かが属性を正しく使用する方法を示しposたり、より堅牢な回避策を提案したりできますか. ありがとう。
例
上記のリンクされた質問と一貫性を保つために、次の例はbnlearn、グリッド レイアウトのノードを持つグラフから開始します。
library(bnlearn)
library(Rgraphviz)
library(igraph)
# Create graph
adj <- matrix(0L, ncol = 9, nrow = 9, dimnames = list(LETTERS[1:9], LETTERS[1:9]))
adj[upper.tri(adj)] <- 1
e <- empty.graph(LETTERS[1:9])
amat(e) <- adj
g <- as.graphNEL(e)
# layout in grid
ig <- igraph.from.graphNEL(g)
lay <- layout.grid(ig)
lay <- setNames(data.frame(norm_coords(lay, -100, 100, -100, 100)), c("x", "y"))
ヘルプページには、次のように設定する必要があることが?GraphvizAttributes示されていますpos
ノードの位置 (neato レイアウトの場合、これはノードの初期位置です)。各 val が double であるという概念 val,val を使用して指定されます。
neatoそして、属性のみについては、もう少し下に
pin: TRUE でノードが入力に pos 属性を持っている場合、neato はノードが入力位置から移動するのを防ぎます。この属性のデフォルトは FALSE です。
この引数を適用する正しい方法が見つかりません。
私が試したさまざまなことは成功しませんでした
# Passed named list with `x` and `y` positions
# To see the `pos` attribute has not been added you can use `AgNode(z)[[1]]`
rownames(lay) <- nodes(e)
pos <- lapply(split(lay, rownames(lay)), unlist)
z <- agopen(g, "gg", nodeAttrs=list(pos=pos,
pin=setNames(rep(TRUE, length(nodes(e))), nodes(e))),
layoutType="neato")
# Passed as a named character string with coordinates pasted together
lay1 <- do.call(paste, c(lay, sep=","))
pos <- paste(lay1, '!') # also tried with `pos = paste(lay)`
names(pos) <- nodes(e)
z <- agopen(g, "gg", nodeAttrs=list(pos=pos,
pin=setNames(rep(TRUE, length(nodes(e))), nodes(e))),
layoutType="neato")
この回避策で期待される結果を得ることができますが、堅牢ではありません。
# write out dot file
z <- agopen(g, "gg")
agwrite(z, "so.dot")
#positions
lay1 <- do.call(paste, c(lay, sep=","))
pos <- paste('pos = "', lay1, '!"')
#read in dot
rd <- readLines("so.dot")
id <- sapply(paste0("label=", nodes(e)) , grep, rd)
#add in positions
for(i in seq(id)) {
rd[id[i]] <- gsub(names(id)[i], paste(names(id)[i], pos[i], sep="\n"), rd[id[i]])
}
# output and render
cat(rd, file="so1.dot", sep="\n")
system("neato so1.dot -n -Tpdf -o so.pdf")
期待通りの結果を出すために
