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初心者ですが、perl 環境で Bioperl モジュールを使用しようとしています。私の構成は

  • Windows Vista/32
  • アクティブな Perl 5.10.1
  • バイオパール 1.6.1
  • パドレとPer Studio 2010 IDE

インストールのガイドラインについては、BioPerlWikiを参照し、PPM メソッドを使用しました。私はそれを正常にインストールしました。

Bioperl が機能しているかどうかを確認するために、次の手順を実行しました。

use Bio::Perl;  // Is working without error

しかし、次のようにさらにチェックしようとしたとき

#!C:\Perl\bin
use Bio::Perl;
use strict;
$seq_object = get_sequence('swissprot',"ROA1_HUMAN");
write_sequence(">roa1.fasta",'fasta',$seq_object);

その後、エラーが発生しています

Global symbol "$seq_object" requires explicit packages name at c:\.......\example.pl line 4
Global symbol "$seq_object" requires explicit package name at c:\........\example.pl line 5
Execution of C:\...... \example.pl aborted due to compilation erros

私はに行って、c:\perldoc Bio::Perlそれが使用されていることを知っています。さらに、Googleでもエラーを追跡しようとしましたが、何が悪いのかわかりません。

Perl と bioperl もシステム パスにあることを認識しています。私が行ってきた愚かな間違いを誰か指摘してもらえますか?

bioperlメーリングリストにも問い合わせますが、彼らの反応はstackoverflowほど速くないことはわかっています

ありがとうございました

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diagnosticsプラグマを使用して、 Perl によって出力される診断を拡張できます。

use diagnostics;
# your_code

これにより、詳細な説明が提供されます。

You've said "use strict" or "use strict vars", which indicates
that all variables must either be lexically scoped (using "my"),
declared beforehand using "our", or explicitly qualified to say
which package the global variable is in (using "::").
于 2011-01-15T13:14:03.020 に答える