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ドットに境界線を追加したいと思います。これにより、白を使用できるようになります。

fill行数と同じ数の色を渡しても機能しないものを利用しようとしました。またcol.ind、役に立たない

library(factoextra)   
data(iris)
res.pca <- prcomp(iris[, -5],  scale = TRUE)
fviz_pca_ind(res.pca, geom.ind = c("point", "text"),
             pointsize = 3, fill.ind="black",
             habillage=iris$Species, pointshape = 19,
             palette = c("white", "orange", "grey"),
             label = "all",
             repel = TRUE ,
             invisible="quali") 
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