私は、処理のための次の変数 (栄養、肥料) を含むデータセットを持っています。これは、水中の藻類の成長を時間 (t0、t1...t10) にわたって記録します。「窒素」と記された肥料と連続して、ｔ５日後に窒素を添加した。「なし」とマークされたシリーズでは、窒素は添加されませんでした。
nutrition <- c("good","good","bad","bad","good","good","bad","bad","good","good","bad","bad","good","good","bad","bad")
fertlizer <- c("none", "nitrogen","none","nitrogen","none", "nitrogen","none","nitrogen","none", "nitrogen","none","nitrogen","none", "nitrogen","none","nitrogen")
t0 <- c(7, 6, 3, 20, 13, 4, 14, 9, 15, 5, 18, 19, 8, 1, 10, 16)
t1 <- c(12, 9, 3, 20, 4, 7, 6, 17, 19, 5, 18, 8, 15, 16, 10, 2)
t2 <- c(12, 9, 3, 20, 4, 7, 6, 17,7, 6, 3, 20, 13, 4, 14, 9)
t3 <- c(15, 5, 18, 19, 8, 1, 10, 16,4, 7, 6, 17,7, 6, 3, 20)
t4 <- c(6,7,12,4,7,18,9,10,2,10,11,14,15,1,14,16)
t5 <- c(4, 7, 6, 17,7, 6, 3, 20,15, 5, 18, 19, 8, 1, 10, 16)
t6 <- c(70,5,16,31,61,14,22,23,80,13,24,32,90,16,28,29)
t7 <- c(56,16,7,8,78,26,28,30,91,5,8,19,67,16,18,19)
t8 <- c(88,21,20,19,90,16,18,19,57,3, 20, 4, 7,67,13,12)
t9 <- c(62,12,15,27,71,20, 4, 7,72,6, 3, 20,73,14, 9, 15)
t10 <- c(40,13,7,19,50,3, 20, 7,66,14, 9, 15,80,16,18,19)
replicates <- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16)
data <- data.frame(nutrition, fertlizer,replicates, t0,t1,t2,t3,t4,t5,t6,t7,t8,t9,t10)
data$nutrition <- as.factor(data$nutrition)
data$fertlizer <- as.factor(data$fertlizer)
グループ間の勾配を比較し、肥料介入後に勾配が変化するかどうかを確認したいと考えています。コントロールとして肥料を使用したくない (つまり、(良い、なし) または (悪い、なし) コントロールとして)
このデータを、「栄養」、「肥料」、「時間」、「複製」、「成長」などの列ヘッダーを持つ長い形式に変換します。t5 より前の期間と t5 より後の期間を区別するために、加算と呼ばれる新しい列を作成します。t5 前の時間 -> 0、t5 の後 -> 1
nutrition fertilizer time replicate growth addition
good none t0 1 6 0
good none t1 1 7 0
..
..
good none t5 1 3 1
各列が次の構造を持つ縦方向の分析を実行します。
nutrition: factor with 2 levels
fertlizer: factor with2 levels
time: factor with 10 levels
replicates: num 0,1,2,3...
growth: num 6, 7, 5 ...
addition: factor with 2 levels
lmer(成長 ~ 栄養 + 肥料 + 時間 + 追加 + (1|複製))
固定効果モデルのランクが不足しているため、x 列数を削除するというエラー メッセージが表示されます。とにかくこの問題の周りにありますか? モデルの記述方法を改善するための提案はありますか?