r - RMarkdown ドキュメントで参考文献 YAML 要素の URL を使用するにはどうすればよいですか?

Question

目標: URL を使用して、YAML フロントマター内のドキュメントを指定することができます。要素cslに対しても同じことができるようにしたいと考えています。bibliography

質問:これは可能ですか?

動機:作業ディレクトリ内のファイルへの直接リンクとは対照的に、これらの要素に URL を使用すると、更新時に 1 つの中央の場所に簡単に同期できる公開ファイル.cslとファイルを組み込むことで、ドキュメントレンダリングワークフローの再現性が向上します (警告.bib: 複製者がインターネットに接続している限り)。

最適ではない代替案:.bibおよびファイルを作業ディレクトリに含めて、.cslそれらがプロジェクトにバンドルされたままになるようにすることもできます。その後、オフラインでも利用できます。このアプローチには 2 つの欠点があります。

.bibこれにより、コンピューター上にとファイルの多数のコピーが.csl作成されます (レンダリングするドキュメントがあるプロジェクトごとに 1 つのコピー)。
ファイルは参照マネージャーを介して自動的に生成される.bibため、参照マネージャーと.bibファイル間の同期を壊さずに (異なるプロジェクトの) 複数の場所に配置することはできません。

デモンストレーション：

csl要素の URL を使用した実際の例を次に示します (ecology.csl公式の Citation Style Language GitHub リポジトリから直接取得したファイル:

reprex_library.bib

@Misc{Chang2015,
  Title                    = {shiny: Web Application Framework for R. R package version 0.12.1},

  Author                   = {Chang, W. and Cheng, J. and Allaire, JJ. and Xie, Y. and McPherson, J. },
  Year                     = {2015},

  Type                     = {Computer Program},
  Url                      = {http://CRAN.R-project.org/package=shiny}
}


@Article{RCoreTeam,
  Title                    = {R: A Language and Environment for Statistical Computing},
  Author                   = {{R Core Team}},
  Year                     = {2015},

  Type                     = {Journal Article},
  Url                      = {http://www.R-project.org}
}

reprex_paper_bib-direct_csl-link.Rmd

---
title: 'My Title'
author: "Me me me me!"
output: pdf_document
bibliography: reprex_library.bib
csl: https://raw.githubusercontent.com/citation-style-language/styles/master/ecology.csl
---

Application written in the R programming language [@RCoreTeam] using the Shiny framework [@Chang2015].

# REFERENCES

次の出力で成功します。

processing file: reprex_paper_bib-direct_csl-direct.Rmd
  |.................................................................| 100%
  ordinary text without R code


/usr/local/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS reprex_paper_bib-direct_csl-direct.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output reprex_paper_bib-direct_csl-direct.tex --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rmarkdown/rmd/latex/default-1.17.0.2.tex --highlight-style tango --pdf-engine pdflatex --variable graphics=yes --variable 'geometry:margin=1in' --filter /usr/local/bin/pandoc-citeproc 
output file: reprex_paper_bib-direct_csl-direct.knit.md


Output created: reprex_paper_bib-direct_csl-direct.pdf

.cslファイルへの URL を含む正常にレンダリングされた PDF の画像

これは、私の Dropbox に格納されてbibliographyいる同じファイルへのパブリック Web リンクで要素を埋めようとしている、機能しない例です。reprex_library.bib

reprex_paper_bib-link_csl-link.Rmd

---
title: 'My Title'
author: "Me me me me!"
output: html_document
bibliography: https://dl.dropboxusercontent.com/s/3e601ma7ji9iu9z/reprex_library.bib
csl: https://raw.githubusercontent.com/citation-style-language/styles/master/ecology.csl
---

Application written in the R programming language [@RCoreTeam] using the Shiny framework [@Chang2015].

# REFERENCES

この出力で壊れる：

|.................................................................| 100%
  ordinary text without R code


/usr/local/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS reprex_paper_bib-link_csl-link.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output reprex_paper_bib-link_csl-link.tex --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rmarkdown/rmd/latex/default-1.17.0.2.tex --highlight-style tango --pdf-engine pdflatex --variable graphics=yes --variable 'geometry:margin=1in' --filter /usr/local/bin/pandoc-citeproc 


processing file: reprex_paper_bib-link_csl-link.Rmd
output file: reprex_paper_bib-link_csl-link.knit.md

Could not find bibliography file: https://dl.dropboxusercontent.com/s/3e601ma7ji9iu9z/reprex_library.bib
Error running filter /usr/local/bin/pandoc-citeproc:
Filter returned error status 1
Error: pandoc document conversion failed with error 83
Execution halted

これは私のRセッション情報です：

> sessionInfo()
R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.2

Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] compiler_3.4.2  backports_1.1.2 magrittr_1.5    rsconnect_0.8.5 rprojroot_1.3-2
 [6] htmltools_0.3.6 tools_3.4.2     rticles_0.4.1   yaml_2.1.16     Rcpp_0.12.13   
[11] stringi_1.1.5   rmarkdown_1.8.7 knitr_1.18      stringr_1.2.0   digest_0.6.14  
[16] evaluate_0.10.1

これがバグなのか意図した動作なのかはわかりません。それが意図されている場合、その理由はわかりません。どんな助けでも大歓迎です！

編集：

さらに読むと、おそらくこれは、pandoc-citeprocを使用して編成プロセス中に呼び出される意図された動作です。--filter /usr/local/bin/pandoc-citeproc

pandoc-citeprocマニュアルによると、YAML 要素は意図的に「CSL スタイルファイルのパスまたは URL」にすることが許可されているようですが、要素cslはbibliography「使用する書誌ファイルのパスまたはパスの YAML リスト」にしかできません。

ワークフローのこれらの部分に関連していることが判明した場合に備えて、この質問に pandoc および pandoc-citeproc タグを追加しました。

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