r - highlight.sector() の幅と配置を調整する - コード ダイアグラム (circlize パッケージ) in R

Question

chordDiagram()circlize パッケージの強調表示されたセクターを調整するのに助けが必要です。

私は漁業の水揚げデータを扱っています。漁船はある港 (母港) から旅を始め、PORT_DE別の港 (水揚げ港) に漁獲物を水揚げしますPORT_LA。私はホタテの生きた重量をトン単位で扱っています（着陸SCALLOP_W）。データフレームの簡単な例を次に示します。

        PORT_DE  PORT_LA SCALLOP_W
1      Aberdeen Aberdeen       116
2        Barrow   Barrow        98
3       Douglas   Barrow       127
4 Kirkcudbright   Barrow       113
5       Brixham  Brixham        69
6        Buckie   Buckie       180

各ポート ( Name_short) には、地域別 ( Region_lb) および国別 ( Country_lb) のラベルが付けられています。以下の例。

   Name_short Country_lb      Region_lb
1   Scalloway   Scotland Shetland Isles
2   Scrabster   Scotland    North Coast
3      Buckie   Scotland    Moray Firth
4 Fraserburgh   Scotland    Moray Firth
5    Aberdeen   Scotland     North East

パッケージを使用して、港間の着陸の流れを視覚化するcircilzeためにカスタマイズされたものを生成しました。chordDiagramセクター間の間隔を調整することで、同じ国のポートのグループ化を含め、ほとんどの設定を調整しました (gap.after設定を参照)。これが私のコードダイアグラムの現在の形です。

国ごとにセクターをハイライトする最後の仕上げを除けば、私が望むものはほぼ完成しました。同じ国の港を強調表示するために使用しようとしてhighlight.sector()いますが、強調表示されたセクターの幅または配置を調整できません。現在、国のセクターは他のすべてのラベルと重複しています。以下の例:

色はランダムに生成されるため、2 つの図の間には異なる色があることに注意してください。

最終調整のお手伝いをお願いできますか？

以下に示す図を生成するためのコード:

# calculate gaps by country; 
# 1 degree between ports, 10 degree between countries
gaps <- rep(1, nrow(port_coords))
gaps[cumsum(as.numeric(tapply(port_coords$Name_short, port_coords$Country_lb, length)))] <- 10

# edit initialising parameters
circos.par(canvas.ylim=c(-1.5,1.5), # edit  canvas size 
           gap.after = gaps, # adjust gaps between regions
           track.margin = c(0.01, 0)) # adjust bottom and top margin 
                                      # (blank area out of the plotting regio)

# Plot chord diagram
chordDiagram(m,

             # manual order of sectors
             order = port_coords$Name_short,

             # plot only grid (no labels, no axis)
             annotationTrack = "grid", 
             preAllocateTracks = 1, 

             # adjust grid width and spacing
             annotationTrackHeight = c(0.03, 0.01), 

             # add directionality
             directional=1, 
             direction.type = c("diffHeight", "arrows"), 
             link.arr.type = "big.arrow",

             # adjust the starting end of the link
             diffHeight = -uh(1, "mm"),

             # adjust height of all links
             h.ratio = 0.8,

             # add link border
             link.lwd = 1, link.lty = 1, link.border="gray35"

             )

# add labels and axis manually
circos.trackPlotRegion(track.index = 1, panel.fun = function(x, y) {
  xlim = get.cell.meta.data("xlim")
  ylim = get.cell.meta.data("ylim")
  sector.name = get.cell.meta.data("sector.index")

  # print labels & text size (cex)
  circos.text(mean(xlim), ylim[1] + .7, sector.name, 
              facing = "clockwise", niceFacing = TRUE, adj = c(0, 0.5), cex=0.6)

  # print axis
  circos.axis(h = "top", labels.cex = 0.5, major.tick.percentage = 0.2, 
              sector.index = sector.name, track.index = 2)
}, bg.border = NA)

# add additional track to enhance the visual effect of different groups
# Scotland
highlight.sector(port_coords$Name_short[which(port_coords$Country_lb == "Scotland")],
                 track.index = 1, col = "blue",
                 text = "Scotland", cex = 0.8, text.col = "white", niceFacing = TRUE)
# England
highlight.sector(port_coords$Name_short[which(port_coords$Country_lb == "England")],
                 track.index = 1, col = "red",
                 text = "England", cex = 0.8, text.col = "white", niceFacing = TRUE)
# Wales
highlight.sector(port_coords$Name_short[which(port_coords$Country_lb == "Wales")],
                 track.index = 1, col = "forestgreen",
                 text = "Wales", cex = 0.8, text.col = "white", niceFacing = TRUE)
# Isle of Man
highlight.sector(port_coords$Name_short[which(port_coords$Country_lb == "Isle of Man")],
                 track.index = 1, col = "darkred",
                 text = "Isle of Man", cex = 0.8, text.col = "white", niceFacing = TRUE)
# Rep. Ireland
highlight.sector(port_coords$Name_short[which(port_coords$Country_lb == "Rep. Ireland")],
                 track.index = 1, col = "darkorange2",
                 text = "Ireland", cex = 0.8, text.col = "white", niceFacing = TRUE)
# N.Ireland
highlight.sector(port_coords$Name_short[which(port_coords$Country_lb == "N.Ireland")],
                 track.index = 1, col = "magenta4",
                 text = "N. Ireland", cex = 0.8, text.col = "white", niceFacing = TRUE)

# re-set circos parameters
circos.clear()