遺伝子のリスト (L としましょう) があり、それらが 3 つの異なる種 (ヒト、ゼブラフィッシュ、タラ) でどのように機能するかを確認したいと考えています。もちろん、3 つの種がすべての遺伝子をリストに持っているわけではありません。さらに、遺伝子間の相互作用は 3 つの種間で異なります。まず、このリストの遺伝子を 3 つの種のゲノムに対して検索し、3 つの種の 3 つの遺伝子リストを取得します (それらを l1、l2、l3 と呼びましょう)。次に、3 つの遺伝子リストをそれぞれ STRING に入れます。これで、3 つのネットワーク (n1、n2、n3 と呼びましょう) ができました。各ネットワークは種ごとに異なります。
これらの 3 つのネットワークと 4 つのリストを使用して、Cytoscape にアクセスしました。私が視覚化したいのは、3 つのネットワークをまとめて表示することです。したがって、背景は L のすべてのノードです。人間を見てみましょう。ネットワーク n1 (l1 のノードとそれらの間のエッジの両方を含む) が強調表示されます (他の 2 つの種の他の遺伝子移動せずにそこにとどまりますが、背景としてフェードアウトします)。次に、ゼブラフィッシュとタラについても同じことを行います。これを行うことで、遺伝子が 3 つの種間でどのように異なる働きをするかを見ることができます。
Cytoscapeでそれを行うことは可能ですか? 前もって感謝します。