emmeans パッケージを使用して、指定されたコントラストのコントラストをどのように実行しますか?
2つの時点での違いの違いに興味があります。最後にpairs(LF)ステートメントを使用した場合、正しい推定値が得られますが、p値は同じです(仮説の個々のテストが必要です-つまり、推定値の大きさに応じて異なるp値が期待されます)。
> mod.rg <- ref_grid(mod, at = list(time = c(0, 1, 7, 13, 26)))
> (mod_em <- emmeans(mod.rg, c("TX_GROUP","time")))
TX_GROUP time emmean SE df asymp.LCL asymp.UCL
0 0 57.8 2.77 Inf 52.4 63.2
1 0 64.0 1.75 Inf 60.6 67.4
0 1 58.0 2.81 Inf 52.5 63.5
1 1 64.3 1.76 Inf 60.9 67.8
0 7 59.0 3.09 Inf 52.9 65.1
1 7 66.3 1.92 Inf 62.5 70.0
0 13 60.0 3.49 Inf 53.2 66.9
1 13 68.2 2.18 Inf 64.0 72.5
0 26 62.2 4.62 Inf 53.2 71.3
1 26 72.5 2.93 Inf 66.7 78.2
Covariance estimate used: vbeta
Confidence level used: 0.95
> # Test contrasts
> (LF <- contrast(mod_em, list(Baseline = c(-1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), `1 month` = c(0, 0, -1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0) , `7 months` = c(0, 0, 0, 0, -1, 1, 0, 0, 0, 0), `13 months` = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 1, 0, 0), `24 months` = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 1))))
contrast estimate SE df z.ratio p.value
Baseline 6.17 3.32 Inf 1.86 0.0629
1 month 6.33 3.36 Inf 1.89 0.0592
7 months 7.27 3.68 Inf 1.98 0.0482
13 months 8.21 4.16 Inf 1.98 0.0483
24 months 10.25 5.51 Inf 1.86 0.0629
> # Contrasts of contrasts
> pairs(LF)
contrast estimate SE df z.ratio p.value
Baseline - 1 month -0.157 0.142 Inf -1.1 0.8046
Baseline - 7 months -1.098 0.994 Inf -1.1 0.8046
Baseline - 13 months -2.038 1.847 Inf -1.1 0.8046
Baseline - 24 months -4.077 3.693 Inf -1.1 0.8046
1 month - 7 months -0.941 0.852 Inf -1.1 0.8046
1 month - 13 months -1.882 1.704 Inf -1.1 0.8046
1 month - 24 months -3.920 3.551 Inf -1.1 0.8046
7 months - 13 months -0.941 0.852 Inf -1.1 0.8046
7 months - 24 months -2.979 2.699 Inf -1.1 0.8046
13 months - 24 months -2.038 1.847 Inf -1.1 0.8046
P value adjustment: tukey method for comparing a family of 5 estimates