問題なく新しいエンティティを作成できますが、プラグイン内の既存のエンティティを更新しても機能していないようです。これは CRM 2011 用です。
var crmContext = new CustomCrmContext(service);
var contact = crmContext.Contact.FirstOrDefault(c=>c.Id == targetEntity.Id);
contact.new_CustomField = "Updated";
crmContext.SaveChanges();