私は kallisto と sleuth にはかなり慣れていませんが、オンライン情報のおかげで、RNA-seq 分析の結果を得ることができています。このパイプラインhttps://pachterlab.github.io/sleuth_walkthroughs/trapnell/analysis.htmlに従って、さまざまな遺伝子発現を確認しています。
今、私はplot_bootstrap機能を実行しようとしています
Web の例では、次のように言います。
plot_bootstrap(so, "ENST00000263734", units = "est_counts", color_by = "condition")
私の場合、最も表現されたトランスクリプトが呼び出されTRINITY_DN3505_c0_g1_i5、私の要因は「季節」です。それから私はそれを試しました：
plot_bootstrap(so, "TRINITY_DN3505_c0_g1_i5", units = "est_counts", color_by = "season")
しかし、エラーが発生しました：
obj$bs_quants[[1]] のエラー: 添え字が範囲外です
このエラーの意味を教えてください。このエラーに関する他の投稿を読んでいましたが、終了しないものを呼び出していることを意味しているように見えます...しかし、私の場合、トランスクリプトの名前は正しく、名前も要因の...両方が存在します。だから…わからない。
どんな提案も役に立ちます。