問題タブ [rna-seq]

私は HPC と Google Cloud をまったく初めて使用します (試用アカウントにサインしたばかりです)。

私の考えは、RNAseq 分析 (ペアの 9 つのサンプル、18 の fastQ ファイル) を実行することです。Bam ファイルをダウンロードし、自宅のコンピューターで続行します。

まず、8 個の vCPU と許容される最大メモリでインスタンスを生成し、Ubuntu 18.04 を選択しました。

次に、ゲノミクス API に移動しましたが、最初のエラーが発生しました。

サービス名の API ソリューションが見つかりません: ゲノミクス

どうすれば進歩できますか？試用期間中はやりたいことができるの？

よろしく、フェル

Linux (CentOS) クラスターで rMATS を実行しようとしています。このシステムでは、root アクセス権がありません。conda installanacondaパッケージ マネージャーを使用して、いくつかの rMATS 依存関係パッケージをインストールしました。

rMATS がlibblas.so.3システム上の共有ライブラリにアクセスできず、エラーがスローされるrMATSexe: error while loading shared libraries: libblas.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

libblas.so.3システムにライブラリを配置し/Users/paul/anaconda3/pkgs/lapack-3.6.1-1/lib/libblas.so.3ましたが、「共有ライブラリ」として rMATS ソフトウェアからアクセスできるようにする方法がわかりません。

私は試しexport LD_LIBRARY_PATH=/Users/ranum/anaconda3/pkgs/lapack-3.6.1-1/lib/libblas.so.3ましたが、これはうまくいきませんでした。

この libblas.so.3 ライブラリーをシステムが見つけられるようにするには、どこに置くことができますか?

私は kallisto と sleuth にはかなり慣れていませんが、オンライン情報のおかげで、RNA-seq 分析の結果を得ることができています。このパイプラインhttps://pachterlab.github.io/sleuth_walkthroughs/trapnell/analysis.htmlに従って、さまざまな遺伝子発現を確認しています。

今、私はplot_bootstrap機能を実行しようとしています

Web の例では、次のように言います。

plot_bootstrap(so, "ENST00000263734", units = "est_counts", color_by = "condition")

私の場合、最も表現されたトランスクリプトが呼び出されTRINITY_DN3505_c0_g1_i5、私の要因は「季節」です。それから私はそれを試しました：

しかし、エラーが発生しました：

obj$bs_quants[[1]] のエラー: 添え字が範囲外です

このエラーの意味を教えてください。このエラーに関する他の投稿を読んでいましたが、終了しないものを呼び出していることを意味しているように見えます...しかし、私の場合、トランスクリプトの名前は正しく、名前も要因の...両方が存在します。だから…わからない。

どんな提案も役に立ちます。

RNAseq で Phytozome の Sorghum ID を使用しています。特定の遺伝子リストについてサイトスケープによる遺伝子ネットワークを作成したい。残念ながら、Phytozome 12 から使用した遺伝子 ID が認識されないため、文字列やその他のツールを使用できませんでした。だから私の質問は、この問題を克服し、遺伝子リストのノードとエッジを作成する方法です??? 前もって感謝します。

RNA-seq パイプラインを作成するために snakemake を使用したいのですが、常に同じエラーが報告されます。

以下は、現在のフォルダにあるファイル全体を示しています。

私のコンテンツ全体がSnakefileにあります

コマンド「snakemake -np」を使用してdry_runすると、スムーズに実行できると思いますが、常に同じエラーが報告されます。

そしてline6は

何が悪いのかわからない。一日中イライラします！誰かが私を助けてくれることを願っています。

私の RNAs-seq パイプラインでは、snakemake によって常に同じエラー レポートが表示されます。

ここに私のSnakefileがあります：

「rule sort2bam」部分を追加するまで、すべて問題ありません。

ドライランするとうまくいきます。しかし、私がそれを実行すると、質問が説明するようにエラーが報告されます。そして驚いたことに、それはバックグラウンドでスタックしたと報告するタスクを実行します.しかし、常に1つのタスクを実行します.次のように:

コードの何が問題なのかわからない 理想はありますか？前もって感謝します！

Snakemake を使用して RNA-seq パイプラインを作成しています。rule fpkmbam ファイルから fpkm 値を計算する最後の部分を書いているときに、次のエラーが表示されます。

ここに私のSnakefileがあります：

これが私のディレクトリ構造です：

また、「ルール fpkm」部分を追加する前に Snakefile を実行すると、bam ファイルが存在します。