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特定のディレクトリにファイルを保存するPythonのスクリプトがあります。

たとえば、「write.py」という名前のこのコード:

with open("project/results/txt/output.txt", "w") as f:
    f.write("this is a txt file")

したがって、「project/src」でスクリプトを実行すると、このスクリプトの出力は「project/results/txt/」になります。

「project/」のスクリプト Nextflow の例を次に示します。

process writeTxt{
    output:
    file "output.txt"

    """
    python3 ../../../src/write.py 
    """
}

"../../../" ==> 作業ディレクトリの外に出る

しかし、nextflow は "projet/results/txt/output.txt" が見つからなかったと返します。

では、スクリプトの出力がどこにあるかを Nextflow にどのように示すのでしょうか?

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