特定のディレクトリにファイルを保存するPythonのスクリプトがあります。
たとえば、「write.py」という名前のこのコード:
with open("project/results/txt/output.txt", "w") as f:
f.write("this is a txt file")
したがって、「project/src」でスクリプトを実行すると、このスクリプトの出力は「project/results/txt/」になります。
「project/」のスクリプト Nextflow の例を次に示します。
process writeTxt{
output:
file "output.txt"
"""
python3 ../../../src/write.py
"""
}
"../../../" ==> 作業ディレクトリの外に出る
しかし、nextflow は "projet/results/txt/output.txt" が見つからなかったと返します。
では、スクリプトの出力がどこにあるかを Nextflow にどのように示すのでしょうか?