以下を使用して、デンドロピーでコフェネティック距離行列を作成しました。
from dendropy.simulate import treesim
tree = treesim.birth_death_tree(birth_rate=1.0, death_rate=0.5, ntax=10)
pdm = tree.phylogenetic_distance_matrix()
ただし、ドキュメントを読んで多くのことを試してみると、オブジェクト「pdm」から使用可能な方法で実際の行列を抽出できません
NBas_data_tableこのクラスには、私も理解できないメソッドがあります